结论概述：公司股权转让过程中，若员工因公司决策或股权转让行为导致重大疾病，其赔偿主张需根据具体情况分析，主要涉及劳动合同关系、侵权责任以及股权转让协议中的相关条款等多个方面。以下将从不同角度详细阐述。
一、基于劳动合同关系的赔偿主张
劳动合同解除或变更的赔偿：
- 若股权转让导致公司结构、经营策略等发生重大变化，进而影响到员工的劳动合同履行（如岗位调整、薪资降低等），且公司未依法与员工协商一致或未提供相应补偿，员工可能依据《劳动合同法》的相关规定，主张公司违法解除或变更劳动合同，要求支付经济补偿金或赔偿金。
- 法律依据：《劳动合同法》第四十条、第四十六条、第四十七条等，规定了用人单位在特定情况下解除或变更劳动合同应支付的经济补偿标准。
工作环境或条件变更导致的健康损害：
- 若股权转让后，公司工作环境、工作条件等发生恶化，导致员工患上重大疾病，且该恶化与股权转让有直接因果关系，员工可能主张公司未提供安全健康的工作环境，违反了《劳动法》中关于劳动安全卫生的规定，要求公司承担相应的赔偿责任。
- 法律依据：《劳动法》第五十四条、第九十五条等，规定了用人单位必须建立、健全劳动安全卫生制度，对从事有职业危害作业的劳动者应当定期进行健康检查，以及用人单位违反规定造成劳动者健康损害应承担的法律责任。
二、基于侵权责任的赔偿主张
公司决策或行为导致的侵权：
- 若股权转让过程中，公司或相关决策者的行为（如隐瞒重要信息、误导员工等）直接导致员工患上重大疾病，员工可能依据《民法典》中关于侵权责任的规定，主张公司或决策者承担侵权责任，包括赔偿医疗费、误工费、精神损害抚慰金等。
- 法律依据：《民法典》第一千一百六十五条、第一千一百七十九条等，规定了行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任，以及赔偿范围和标准。
第三方侵权与公司的连带责任：
- 若股权转让涉及第三方（如新股东、合作伙伴等），且第三方的行为（如污染、噪音等）导致员工患上重大疾病，而公司未尽到合理的管理或监督义务，员工可能主张公司与第三方承担连带赔偿责任。
- 法律依据：在特定情况下，根据《民法典》中关于共同侵权或连带责任的规定，公司可能因未尽到管理或监督义务而承担连带责任。
三、基于股权转让协议的赔偿主张
协议中的特别约定：
- 若股权转让协议中明确约定了关于员工权益保护、健康损害赔偿等条款，员工可依据协议约定主张赔偿。
- 操作建议：在签订股权转让协议时，应仔细审查协议内容，确保员工权益得到充分保障。
协议履行过程中的违约责任：
- 若股权转让过程中，任何一方违反协议约定（如未按时支付转让款、未履行对员工的承诺等），导致员工患上重大疾病或遭受其他损失，员工可依据协议约定主张违约方承担违约责任。
- 法律依据：《民法典》中关于合同违约责任的规定，包括继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。
四、综合建议
- 收集证据：员工应尽可能收集与股权转让、工作环境变化、健康损害等相关的证据，如医疗记录、工作记录、股权转让协议等，以便在主张赔偿时提供有力支持。
- 协商调解：在提起诉讼前，可尝试与公司或相关方进行协商调解，寻求和解或达成赔偿协议。
- 法律途径：若协商无果，员工可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
最后，每个案件的具体情况都有所不同，员工在主张赔偿时应根据自身情况选择合适的法律途径和策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。