针对您提出的“员工工作期间闯红灯，公司怎么赔偿”的问题，这确实是一个涉及多个法律层面的复杂议题。以下是我为您提供的详细、有深度的解答：

首先，我们需要明确的是，员工在工作期间闯红灯发生车祸，公司是否需要赔偿，这主要取决于几个关键因素：事故责任认定、工伤认定情况，以及公司是否为员工缴纳了工伤保险。

一、事故责任认定

1. 员工责任：如果员工因闯红灯而负事故的主要责任或全部责任，那么从交通事故的角度来看，员工自身存在过错。

2. 对方责任：然而，如果对方也存在严重过错，如醉酒驾车、超速行驶等，且交警部门认定员工承担同等责任、次要责任或无责任，那么情况就会有所不同。

二、工伤认定

1. 一般情况：根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故伤害，才应认定为工伤。因此，如果员工因闯红灯而负主要责任，通常不符合工伤认定条件。

2. 特殊情况：但如前所述，如果对方存在严重过错，且员工被认定承担非主要责任，那么员工的受伤仍有可能被认定为工伤。

三、公司责任与工伤保险

1. 已缴纳工伤保险：

   • 如果公司依法为员工缴纳了工伤保险，且员工被认定为工伤，那么大部分赔偿费用（如医疗费、一次性伤残补助金、伤残津贴等）将由工伤保险基金支付。
   • 公司仍需承担部分费用，如停工留薪期内的工资福利待遇、护理费用等。

2. 未缴纳工伤保险：

   • 如果公司未为员工缴纳工伤保险，根据相关法律法规，公司需按照工伤保险待遇项目和标准全额支付费用。

四、公司过错与民事赔偿责任

• 除了上述工伤保险相关的责任外，如果公司在管理或其他方面存在过错（如强制要求员工提前到岗导致匆忙赶路、未提供安全的交通环境等），且这种过错与员工闯红灯发生车祸之间存在因果关系，那么公司可能需根据过错程度承担一定的民事赔偿责任。但这种情况需要员工提供充分证据证明公司存在过错。

五、应对措施与建议

• 对于员工而言，如果发生此类事故，应首先报警并等待交警部门的事故责任认定。同时，及时与公司沟通，了解公司的工伤保险缴纳情况，并咨询专业律师以获取更具体的法律意见。
• 对于公司而言，应依法为员工缴纳工伤保险，加强员工的安全教育和管理，避免类似事故的发生。如果发生事故，应积极配合员工处理相关事宜，并根据法律法规承担相应的责任。

综上所述，员工工作期间闯红灯发生车祸时，公司是否需要赔偿需综合考虑事故责任认定、工伤认定以及公司是否为员工缴纳了工伤保险等多个因素。在处理此类问题时，建议双方依据相关法律法规进行判断，并咨询专业律师以获取更具体的法律意见和指导。