在员工入职隐瞒疾病的情形中，举证责任主要由用人单位承担。以下是对此问题的详细分析：
法律背景
在劳动关系中，用人单位与劳动者之间存在一定的信息不对称。为了平衡这种不对称，法律对用人单位的知情权进行了一定的保护，同时也对劳动者的隐私权进行了相应的限制。当员工入职时隐瞒疾病，如果后续因此导致争议，用人单位需要承担主要的举证责任来证明员工确实存在隐瞒行为。
举证责任分配
用人单位的举证责任：
- 用人单位需要证明员工在入职时确实隐瞒了疾病。这通常包括提供员工的入职体检报告、员工填写的健康状况声明表等证据，以及证明这些证据与员工实际健康状况不符。
- 用人单位还需要证明隐瞒的疾病对工作效率或工作环境有实际影响，或者导致用人单位承担了额外的经济负担。
劳动者的举证责任：
- 劳动者在入职时应当如实告知自己的健康状况。但如果用人单位未能提供充分证据证明劳动者存在隐瞒行为，劳动者则无需承担举证责任。
- 在某些情况下，如果劳动者能够证明用人单位在招聘过程中存在歧视行为，或者未按照法律规定进行健康检查，那么劳动者也可以提出相应的抗辩。
法律建议
对于用人单位：
- 在招聘过程中，应明确告知劳动者需要如实告知健康状况，并设置合理的健康检查程序。
- 保存好与劳动者健康状况相关的所有证据，以备不时之需。
- 如果发现劳动者存在隐瞒疾病的行为，应及时与劳动者沟通，并根据实际情况采取相应的法律措施。
对于劳动者：
- 在入职时，应如实填写健康状况声明表，并提供真实的体检报告。
- 如果因疾病问题导致与用人单位发生争议，应积极配合用人单位的调查，并提供必要的证据来支持自己的主张。
综上所述，员工入职隐瞒疾病的举证责任主要由用人单位承担。用人单位在招聘过程中应做好充分的准备工作，以应对可能出现的争议。同时，劳动者也应如实告知自己的健康状况，以避免不必要的法律纠纷。