结论前置：关于您入职时工资12000，第二年改工资制度是否违法的问题，这并不能直接判断为违法，需要具体分析工资制度变更的内容、程序以及是否违反了相关法律法规和劳动合同的约定。以下我将从多个角度为您详细分析。
一、工资制度变更的合法性基础
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。工资作为劳动合同的重要内容之一，其变更应当遵循劳动合同的约定。
- 如果劳动合同中明确规定了工资调整的条件、程序和方式，且用人单位在变更工资制度时遵循了这些约定，那么这种变更通常是合法的。
法律法规的遵循：
- 工资制度的变更还必须符合国家法律法规的规定，如最低工资标准、工资支付规定等。
- 如果变更后的工资制度违反了这些法律法规，那么这种变更就是违法的。
二、工资制度变更的合法程序
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条的规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。
- 这意味着，如果用人单位想要变更工资制度，必须与劳动者进行协商，并达成一致意见。如果未经协商或协商不一致而擅自变更工资制度，那么这种变更可能是违法的。
民主程序：
- 在某些情况下，工资制度的变更可能还需要经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论等。这主要取决于用人单位的规章制度以及当地法律法规的具体要求。
三、可能存在的违法情形
未经协商擅自变更：
- 如果用人单位未经与劳动者协商一致，就擅自变更工资制度，降低劳动者的工资水平，那么这种行为可能构成违法。
违反最低工资标准：
- 如果变更后的工资制度导致劳动者的工资低于当地最低工资标准，那么这种变更也是违法的。
未采用书面形式：
- 根据法律规定，变更劳动合同应当采用书面形式。如果用人单位未采用书面形式变更工资制度，虽然不一定直接导致违法，但可能在后续争议中处于不利地位。
四、建议与措施
审查劳动合同：
- 首先，您应该仔细审查自己的劳动合同，看看其中是否有关于工资调整的约定。如果有，那么用人单位在变更工资制度时应当遵循这些约定。
与用人单位协商：
- 如果您对工资制度的变更有异议，可以与用人单位进行协商，表达自己的诉求和意见。在协商过程中，您可以要求用人单位提供变更工资制度的合理依据和解释。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，或者您认为用人单位的变更行为已经构成了违法，那么您可以寻求法律援助，向当地的劳动争议仲裁委员会或人民法院提起仲裁或诉讼。
最后，工资制度的变更是否违法，需要具体分析变更的内容、程序以及是否违反了相关法律法规和劳动合同的约定。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。