针对您提出的“企业单位挂靠残疾证合同三年，现在反悔不挂靠了，单位怎么样办理”的问题，这主要涉及到合同解除及后续相关手续的办理。虽然您提供的参考信息主要聚焦于企业注销、市场准入等更宏观的层面，但我们可以从合同法和相关行政管理的角度，为您梳理出一个清晰的办理流程。
首先，需要明确的是，挂靠残疾证的行为，如果涉及利用残疾证享受税收优惠、政策扶持等，可能涉及违法违规，因此，在解除挂靠关系前，企业应确保自身行为合法合规，避免因此产生法律风险。
接下来，针对解除挂靠关系的具体办理流程，您可以按照以下步骤进行：
合同审查：
- 仔细审查与残疾证持有者签订的挂靠合同，明确合同中的解除条款、违约责任等关键内容。
- 如果合同中有明确的解除条件和程序，应按照合同约定执行。
双方协商：
- 与残疾证持有者进行友好协商，说明解除挂靠的原因和意图，争取达成一致意见。
- 协商过程中，可以就合同解除后的相关事宜，如费用结算、责任划分等，进行明确约定。
书面通知：
- 如果协商达成一致，应制作书面解除合同通知书，明确解除合同的时间、原因、双方的权利义务等。
- 通知书应由双方签字确认，或通过其他合法方式送达对方。
办理相关手续：
- 根据当地政策要求，可能需要向相关部门（如税务、社保等）报备解除挂靠关系的情况。
- 如果挂靠期间享受了某些政策优惠或扶持，应按照规定办理相关手续，如退还优惠款项、注销相关资质等。
法律风险防范：
- 在解除挂靠关系过程中，应注意保留相关证据，如合同、协商记录、通知书等，以备不时之需。
- 如果因解除挂靠关系产生纠纷，应及时寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自身合法权益。
最后，需要强调的是，企业在处理此类问题时，应严格遵守法律法规和政策要求，确保自身行为的合法性和合规性。同时，也应积极与残疾证持有者进行沟通协商，以和平、友好的方式解决纠纷，避免产生不必要的法律风险和社会影响。