结论：在您与公司是劳动关系却签订了合作协议的情况下，能否主张双倍工资，需根据具体情况来判断，主要取决于合作协议是否实质上改变了劳动关系的本质以及是否符合劳动合同法的相关规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合作协议未改变劳动关系本质：

   • 如果合作协议只是形式上的变更，而实际上您与公司之间仍然保持着劳动关系，比如您仍然接受公司的管理、指挥和监督，从事公司安排的工作，并获取劳动报酬，那么这份合作协议可能被视为劳动合同的一种变体或补充。
   • 在这种情况下，如果公司未与您签订正式的书面劳动合同，且符合《劳动合同法》中关于双倍工资支付条件的规定（即自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的），您有权主张双倍工资。但需要注意的是，您需要提供证据证明合作协议并未改变劳动关系的本质，比如工作记录、工资支付记录、公司管理指令等。

2. 合作协议实质上改变了劳动关系：

   • 如果合作协议确实改变了劳动关系的本质，比如您与公司之间变成了平等的合作关系，您不再接受公司的管理、指挥和监督，而是自主安排工作、自行承担风险和收益，那么这种情况下您与公司之间可能不再构成劳动关系，而是构成了合作关系或承揽关系等。
   • 在这种情况下，由于您与公司之间不存在劳动关系，因此您无权依据《劳动合同法》主张双倍工资。但您可能需要根据合作协议的具体内容，依据《民法典》等相关法律规定来维护自己的权益。

3. 合作协议的合法性与有效性：

   • 无论合作协议是否改变了劳动关系的本质，都需要审查合作协议的合法性与有效性。如果合作协议存在违反法律、行政法规的强制性规定或者违背公序良俗的情况，那么该协议可能被认定为无效或部分无效。
   • 在合作协议无效或部分无效的情况下，您可能需要根据实际情况来主张自己的权益，包括但不限于要求公司支付未签订书面劳动合同的双倍工资（如果仍然构成劳动关系的话）、赔偿损失等。

法律建议：

• 如果您认为自己与公司之间仍然构成劳动关系，且公司未与您签订正式的书面劳动合同，那么您可以收集相关证据（如工作记录、工资支付记录、公司管理指令等），向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付双倍工资。
• 如果您不确定自己与公司之间是否构成劳动关系，或者合作协议是否改变了劳动关系的本质，那么建议您咨询专业律师进行法律评估和分析，以便更好地维护自己的权益。

可能法律后果：

• 如果您的主张得到支持，公司可能需要向您支付双倍工资差额部分，并可能面临劳动行政部门的处罚。
• 如果您的主张未得到支持，那么您可能需要根据合作协议的具体内容来寻求其他法律救济途径。

总之，在您与公司是劳动关系却签订了合作协议的情况下，能否主张双倍工资需根据具体情况来判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。