结论：补充协议约定商品房抵工程款但未实际履行，一般不能直接计入已支付的工程款，但具体是否计入及如何处理，需根据协议的具体内容、双方的实际履行情况以及相关法律规定来综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容与履行情况的角度
协议明确约定且已履行：
- 如果补充协议中明确约定了以商品房抵工程款，并且双方已经按照协议约定完成了商品房的过户手续或交付使用，那么这部分商品房的价值应当视为已经支付的工程款。
协议明确约定但未履行：
- 如果补充协议中虽然约定了以商品房抵工程款，但由于各种原因（如商品房未建成、未取得预售许可证、双方协商变更履行方式等）导致该约定未能实际履行，那么这部分商品房的价值不能直接计入已支付的工程款。此时，双方可能需要通过协商、诉讼或仲裁等方式来解决工程款的支付问题。
协议约定不明确或存在争议：
- 如果补充协议中关于以商品房抵工程款的约定不明确，或者双方对协议的理解存在争议，那么需要根据协议的具体内容、双方的实际履行情况以及相关法律规定来综合判断。在这种情况下，可能需要借助法律解释、行业惯例或专家意见等来辅助判断。
二、法律规定的角度
合同法的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》（原《中华人民共和国合同法》）的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，对双方具有法律约束力。如果补充协议中明确约定了以商品房抵工程款，那么双方应当按照协议约定履行。如果一方未履行或履行不符合约定，应当承担相应的违约责任。
建设工程价款结算的相关规定：
- 在建设工程领域，工程款的结算通常遵循一定的规则和程序。如果补充协议中的以房抵款约定与工程款结算的相关规定相冲突或不明确，那么可能需要参照相关规定来处理。例如，如果工程款结算规定必须以货币形式支付，那么以商品房抵工程款的约定可能无法直接履行。
三、实际操作与建议
审查协议内容：
- 首先，双方应当仔细审查补充协议的内容，明确以商品房抵工程款的具体约定，包括商品房的详细信息、价值、过户手续等。
协商解决：
- 如果由于各种原因导致以房抵款约定未能实际履行，双方应当积极协商解决工程款的支付问题。可以考虑通过货币支付、其他资产抵偿或分期付款等方式来达成一致。
寻求法律途径：
- 如果双方无法协商解决争议，可以寻求法律途径来维护自己的权益。可以向法院提起诉讼或申请仲裁，要求对方按照协议约定履行义务或承担违约责任。
举例说明：假设某建设工程中，双方签订了补充协议约定以一套价值100万元的商品房抵偿部分工程款。但由于开发商资金链断裂，该商品房未能按时建成并交付使用。在这种情况下，承包商不能直接将该商品房的价值计入已支付的工程款中。双方需要协商解决工程款的支付问题，或者通过法律途径来维护自己的权益。
进一步思考：在实际操作中，以商品房抵工程款往往涉及复杂的法律关系和利益博弈。因此，在签订补充协议时，双方应当充分考虑各种可能的风险和后果，并明确约定相关的权利和义务。同时，在履行协议过程中，双方也应当保持沟通与合作，共同推动问题的解决。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。