结论：工程合同中原来约定不应计取的费用，后续通过补充协议改为可以计取，这一行为本身并不直接构成违规，但需满足一定条件并考虑多方面因素。
分析：
合同变更的合法性：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方可以在平等、自愿的基础上，通过协商一致对合同内容进行变更。因此，如果双方就工程合同中的计费问题达成了补充协议，且该协议是双方真实意思的表示，没有违反法律、行政法规的强制性规定，那么这种变更就是合法的。
变更内容的合理性：
- 尽管合同变更本身可能合法，但变更的内容必须合理。如果补充协议中计取的费用明显超出了正常范围，或者存在不公平、不合理的条款，那么这种变更可能会引发争议。在这种情况下，受损方有权要求撤销或变更该补充协议。
对第三方的影响：
- 如果工程合同涉及第三方（如分包商、供应商等），那么补充协议的变更可能会对第三方产生影响。在这种情况下，需要确保变更不会损害第三方的合法权益，否则可能会引发法律纠纷。
行业规范和惯例：
- 在建设工程领域，存在一些行业规范和惯例。如果补充协议的变更违反了这些规范和惯例，那么可能会受到行业内的质疑或批评。虽然这不一定直接构成法律违规，但可能会影响企业的声誉和业务发展。
建议：
- 在签订补充协议前，双方应充分沟通并协商一致，确保变更内容合法、合理且不损害第三方利益。
- 如果对补充协议的合法性或合理性存在疑虑，可以咨询专业律师或相关机构进行评估。
- 在签订补充协议后，双方应严格按照协议内容履行义务，避免引发不必要的法律纠纷。
后续行动：
- 如果您已经签订了这样的补充协议，并且担心其合法性或合理性，建议您直接向我咨询，我可以根据具体情况为您提供专业的法律意见。
- 如果您尚未签订补充协议，但在考虑变更合同内容，也建议您在签订前咨询我，以确保变更的合法性和合理性。
总之，工程合同中原来约定不应计取的费用后续通过补充协议改为可以计取，并不直接构成违规，但需满足合法、合理且不损害第三方利益等条件。如有任何疑虑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。