施工合同原合同没有预付款，补充协议有预付款，并不直接构成违规。具体分析如下：

1. 合同补充协议的性质：

   • 补充协议是对原合同未尽事宜或需要变更、补充的内容进行的约定。
   • 如果原合同中没有明确禁止在补充协议中添加预付款条款，那么补充协议中加入预付款条款是合法的。

2. 预付款条款的合法性：

   • 预付款条款本身并不违反法律法规的强制性规定。
   • 预付款的支付比例、支付时间等具体内容需要双方协商一致，并在补充协议中明确约定。

3. 可能的风险与注意事项：

   • 如果原合同是通过招投标方式签订的，且招标文件中明确没有预付款，那么补充协议中加入预付款条款可能会引发对招投标公正性的质疑。
   • 在签订补充协议时，应确保双方意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等违法情形。
   • 补充协议应作为原合同的组成部分，与原合同具有同等法律效力。

综上所述，施工合同原合同没有预付款，补充协议有预付款并不直接构成违规，但需要注意可能的风险与注意事项。如果在实际操作中遇到具体问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体的法律建议。