核心结论：在这种情况下，一般以合同约定为准，但需要进一步审查招投标过程是否合法合规，以及合同签订是否存在特殊情形，不同情况处理方式不同。以下是具体分析：

1. 以合同约定为准的情况

   • 法律依据：根据《民法典》第四百六十五条规定，依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。在工程领域，合同是双方当事人意思表示一致的产物，当招投标文件与合同内容不一致时，如果招投标过程合法合规，合同签订也是双方真实意思表示，且不存在欺诈、胁迫等导致合同无效或可撤销的情形，那么合同中的条款对双方具有约束力。
   • 具体分析：例如，在招投标阶段，招标文件未提及预付款，但在后续合同谈判过程中，承包人凭借自身的技术优势、业绩等，与发包人协商一致在合同中约定了预付款条款。这种情况下，合同是双方在平等自愿基础上达成的，预付款条款应得到履行。如果发包人拒绝支付预付款，承包人可以依据合同约定，通过协商、仲裁或诉讼等方式要求发包人支付。

2. 以招投标文件为准的情况

   • 法律依据：《招标投标法》第四十六条规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。如果合同中的预付款条款与招投标文件的实质性内容相背离，可能违反了该法律规定。
   • 具体分析：判断是否背离合同实质性内容，需要结合具体情况。一般来说，工程的价款、质量、工期等属于实质性内容。如果预付款的金额较大，对工程的资金安排和双方的权利义务产生重大影响，可能被认定为实质性内容。例如，在一个大型工程项目中，招投标文件明确规定不支付预付款，但合同中却约定了高额的预付款，这可能改变了双方在招投标阶段对资金风险的分配和预期，属于背离实质性内容。此时，该预付款条款可能无效，应以招投标文件为准。

3. 特殊情况处理

   • 存在串通招投标等违法行为：如果在招投标过程中存在串通招投标、弄虚作假等违法行为，导致招投标结果无效，那么基于该招投标结果签订的合同也可能受到影响。此时，合同中的预付款条款可能因合同无效而不具有法律效力，双方应恢复到招投标前的状态，根据实际情况重新协商或通过法律途径解决纠纷。
   • 合同变更情形：如果双方在合同签订后，经过协商一致对预付款条款进行了变更，并且这种变更不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么应以变更后的合同为准。例如，由于工程实际情况发生变化，如工程进度提前、材料价格大幅上涨等，双方协商一致在合同中增加了预付款条款或调整了预付款金额，这种情况下变更后的条款是有效的。

建议：你可以先收集招投标文件、合同、招投标过程中的相关沟通记录等证据材料，分析招投标过程是否合法合规以及合同签订的具体情况。如果与对方协商无法解决问题，可以进一步向我咨询，我会根据你的具体情况为你制定合适的解决方案。