结论：招标文件没有约定预付款，签订合同时是否可以增加预付款条款，需分情况讨论，核心取决于招标文件是否允许合同变更、双方协商结果及是否违反法律法规强制性规定。以下从不同角度展开分析：

1. 若招标文件明确禁止合同变更或限制预付款条款

• 法律效果：根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。若招标文件已明确排除预付款（如“合同价款支付方式以招标文件为准，不得调整”），则签订合同时增加预付款可能构成对实质性内容的变更，导致条款无效。
• 例外情形：若双方能证明变更内容（如增加预付款）属于“非实质性修改”（如不影响项目进度、质量或公平竞争），且未损害其他投标人利益，可能被法院或仲裁机构认可。但实践中此类例外需严格举证，风险较高。

2. 若招标文件未禁止合同变更或未提及预付款

• 协商空间：双方可通过补充协议增加预付款条款，但需满足以下条件：
  • 自愿协商：双方需就预付款金额、支付时间、条件等达成一致，且无欺诈、胁迫等情形；
  • 不违反强制性规定：如预付款比例未超过法定上限（如《政府采购法实施条例》规定政府采购合同预付款比例原则上不超过合同金额的30%），且未涉及非法利益输送；
  • 不损害第三方权益：如未因增加预付款导致项目资金不足，影响供应商履约能力或损害其他债权人利益。
• 实践建议：为降低风险，建议在补充协议中明确预付款与项目进度、质量挂钩（如“预付款在乙方提交履约保证金后支付，且用于本项目采购”），并留存协商过程的书面记录（如邮件、会议纪要）。

3. 特殊场景：政府采购或国有企业招标

• 合规要求：根据《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第七十一条，政府采购合同需严格遵循招标文件和投标文件确定的事项。若招标文件未约定预付款，增加预付款可能需履行额外审批程序（如财政部门备案），否则可能被认定为违规。
• 例外政策：部分地区为优化营商环境，允许政府采购项目在合同中约定预付款（如《财政部关于促进政府采购公平竞争优化营商环境的通知》鼓励采购人预付合同款），但需以地方政策为依据，且需在招标文件中预留调整空间。

操作建议

1. 审查招标文件：重点查看“合同条款”“支付方式”“变更程序”等章节，确认是否允许合同修改或预付款调整；
2. 协商留痕：若需增加预付款，务必通过书面形式（如补充协议）明确条款，并由双方签字盖章；
3. 合规审查：涉及政府采购或国有资金的项目，建议提前咨询财政部门或审计机构，确保变更合法。

如有进一步疑问（如具体条款设计、风险防范），可直接向我咨询，我会结合项目类型、资金来源等细节提供针对性方案。