结论：招标文件写明没有预付款，签订合同时可以约定预付款，但需满足一定条件并注意法律风险。以下从不同角度展开分析：

1. 招标文件与合同的关系

招标文件是招标人向潜在投标人发出的要约邀请，其内容（如付款方式）对招标人具有约束力，但并非绝对不可变更。根据《民法典》第四百八十八条，承诺的内容应当与要约的内容一致；受要约人对要约的内容作出实质性变更的，为新要约。预付款条款属于合同核心条款（涉及双方权利义务分配），若投标人在投标文件中未提出异议，中标后签订合同时单独约定预付款，可能被视为对招标文件的实质性变更。

例外情形：若招标文件明确允许中标后协商修改付款方式（如“具体付款条款以最终合同为准”），或双方通过补充协议明确约定预付款，则法律上可行。

2. 合同自由原则与法律限制

根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，当事人有权自主约定合同内容。因此，若招标文件未禁止合同修改，或双方通过协商一致变更付款方式，约定预付款不违反法律强制性规定。

风险提示：若招标文件明确禁止修改付款方式（如“中标后不得变更付款条款”），或预付款约定损害国家利益、社会公共利益（如政府采购项目中违规支付预付款），则可能因违反《招标投标法》第四十六条（“招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”）被认定无效。

3. 实务操作建议

• 步骤一：核查招标文件是否明确禁止修改付款方式。若未禁止，可在合同中约定预付款；若禁止，需与招标人协商并取得书面同意。
• 步骤二：在合同中明确预付款的金额、支付条件（如提交履约保证金后支付）、扣回方式（如从后续进度款中抵扣），避免条款模糊引发纠纷。
• 步骤三：若涉及政府采购或国有企业项目，需遵守《政府采购法实施条例》第五十一条（“采购人应当按照政府采购合同规定，及时向中标或者成交供应商支付采购资金”）及企业内部财务制度，确保预付款支付合法合规。

4. 法律后果

若未经招标人同意擅自约定预付款，可能面临以下风险：

• 招标人拒绝支付预付款，并主张合同条款无效；
• 若预付款已支付，招标人可能要求返还并追究违约责任；
• 在政府采购项目中，可能因违规支付被财政部门处罚（如罚款、列入不良行为记录名单）。

总结：招标文件无预付款条款时，合同中约定预付款需以招标文件允许修改为前提，并通过协商一致明确条款细节。建议操作前委托律师审核招标文件及合同草案，确保合法合规。如有进一步疑问，可直接向我咨询。