结论：合同中既约定专用条款无开工预付款，又约定合同有开工预付款，这样的条款设置在法律上并不直接导致合同无效，但可能引发合同解释上的争议。具体如何处理，需根据合同的整体内容、双方的真实意图以及相关法律规定来综合判断。
分析说明：
合同条款的冲突与解释：
- 当合同中的专用条款与通用条款（或此处提及的“合同约定”）存在冲突时，通常需要依据合同解释的原则来确定哪一条款应优先适用。
- 合同解释的原则包括但不限于：目的解释、整体解释、诚实信用原则等。法院或仲裁机构在解释合同时，会考虑合同的整体内容、双方的真实意图、交易习惯以及公平原则等因素。
双方真实意图的探究：
- 在合同条款存在冲突的情况下，探究双方的真实意图至关重要。如果双方在签订合同时，对于开工预付款的支付有明确的协商和约定，且这一约定在合同中有所体现（尽管可能存在表述上的冲突），那么应优先考虑双方的真实意图。
- 例如，如果双方在合同谈判过程中，明确约定了不支付开工预付款，但合同文本在撰写时出现了笔误或表述不清，导致合同中同时出现了“无开工预付款”和“有开工预付款”的条款，那么在这种情况下，应依据双方的真实意图来解释合同。
法律后果与风险：
- 如果合同条款的冲突导致双方无法就开工预付款的支付达成一致，可能引发合同履行上的障碍，甚至导致合同纠纷。
- 在这种情况下，双方可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决争议。法院或仲裁机构在审理此类案件时，会依据合同解释的原则和双方的真实意图来作出裁决。
行动建议：
- 审查合同文本：仔细审查合同文本，特别是关于开工预付款的条款，确定是否存在表述上的冲突或模糊之处。
- 与对方协商：如果发现合同条款存在冲突或模糊之处，建议及时与对方进行协商，明确双方的真实意图，并考虑对合同进行修订或补充。
- 寻求法律帮助：如果双方无法就合同条款的解释达成一致，或者合同纠纷已经发生，建议寻求专业的法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
后续思考依据：
- 在处理此类合同纠纷时，法院或仲裁机构通常会依据《中华人民共和国民法典》中关于合同解释和合同履行的相关规定来作出裁决。
- 同时，也会参考类似案例的判决结果和司法实践中的通行做法，以确保裁决的公正性和合理性。
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