补充协议以房抵工程款在满足法定条件时生效，但具体效力需结合以下角度综合判断：

1. 协议形式与内容合法性
   根据《民法典》第143条，有效民事法律行为需满足：

   • 双方具有完全民事行为能力；
     
   • 意思表示真实（无欺诈、胁迫等情形）；
     
   • 内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
     若协议符合上述条件，且明确约定以房屋抵偿工程款的具体条款（如房屋位置、面积、交付时间、产权过户等），则协议本身具有法律效力。

2. 工程款债务的合法性

   • 若原工程款债务因合法施工合同产生，且无争议（如已验收、结算），则以房抵债属于债务履行方式的变更，合法有效。
     
   • 若工程款存在争议（如质量纠纷、未结算），需先通过协商、诉讼或仲裁确认债务金额，否则可能因债务不明确导致协议效力存疑。

3. 房屋产权的合法性

   • 抵债房屋需满足：
     
     • 开发商已取得预售许可或产权证（避免无权处分）；
       
     • 房屋未被查封、抵押或存在其他权利限制（否则可能因无法过户导致协议无法履行）；
       
     • 房屋用途符合约定（如抵债房屋为住宅，但约定用于商业，可能涉及规划变更问题）。
       若房屋存在权利瑕疵，协议可能因履行不能被解除或撤销。

4. 履行顺序与风险

   • 协议通常约定“债务到期未清偿则以房抵债”，此时需注意：
     
     • 若房屋价值显著高于工程款，可能被认定为“流押条款”而无效（《民法典》第401条禁止流押）；
       
     • 双方可约定“折价补偿”或“另行出售房屋后偿债”，以规避流押风险。
       
   • 若协议直接约定“以房抵债且房屋过户”，需确保房屋已具备过户条件，否则可能因政策限制（如限购、限售）导致协议无法履行。

建议行动：

1. 审查原施工合同、结算文件，确认工程款金额及支付条件；
   
2. 核查房屋产权证、预售许可、查封抵押信息；
   
3. 在协议中明确约定“房屋过户时间、违约责任、争议解决方式”；
   
4. 必要时办理房屋过户预告登记，降低风险。
   

如有具体协议条款或房屋信息，可进一步向我咨询细节。