已被抵押的商品房抵工程款协议，在符合法定条件的情况下是有效的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、协议有效的法律基础
物权法与民法典的相关规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》（以下简称《民法典》）的相关规定，抵押期间，抵押人可以转让抵押财产。当事人另有约定的，按照其约定。抵押财产转让的，抵押权不受影响。这意味着，在抵押期间，抵押人（即商品房的所有权人）有权将抵押的商品房进行转让或以其他方式处分，包括抵偿债务。
- 同时，《民法典》也规定了抵押权人（即债权人）在抵押财产转让时的权利，如可以要求抵押人将转让所得的价款提前清偿债务或者提存。但这并不妨碍抵押人与第三人（如工程承包方）签订抵工程款协议的有效性。
协议内容的合法性：
- 抵工程款协议是双方真实意思的表示，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，因此该协议在形式上和内容上均具备合法性。
二、协议有效的具体条件
抵押人同意：
- 抵押人（商品房的所有权人）必须同意将抵押的商品房抵偿工程款，这是协议成立的前提条件。
抵押权人知晓或同意：
- 虽然抵押权人的同意不是协议生效的法定要件，但为了保障抵押权人的权益，避免后续纠纷，最好在签订抵工程款协议前告知抵押权人或取得其同意。如果抵押权人不同意，可能会引发抵押权实现的问题，但这并不影响抵工程款协议本身的效力。
协议内容明确无歧义：
- 抵工程款协议应明确约定商品房的抵偿价值、债务金额、抵偿方式、过户时间等关键条款，以确保协议的可执行性。
三、可能存在的法律风险及防范
抵押权实现的风险：
- 如果抵押权人不同意抵工程款协议，可能会在抵押权实现时主张优先受偿权，从而影响工程承包方的权益。因此，在签订协议前，应尽可能与抵押权人进行沟通协商，取得其同意或达成妥善处理抵押权的方案。
协议履行过程中的风险：
- 在协议履行过程中，可能因各种原因（如商品房存在权属纠纷、被查封等）导致无法过户或无法实现抵偿目的。因此，在签订协议前，应对商品房的权属状况进行充分调查，确保商品房不存在权利瑕疵。
四、实际操作建议
签订书面协议：
- 双方应签订书面抵工程款协议，明确约定各自的权利义务和违约责任，以避免口头协议可能带来的纠纷。
办理相关手续：
- 根据协议约定，及时办理商品房的过户手续或相关登记手续，以确保协议的履行和权益的实现。
寻求法律支持：
- 在签订协议前或履行过程中遇到法律问题，应及时咨询专业律师，以获取专业的法律意见和支持。
综上所述，已被抵押的商品房抵工程款协议在符合法定条件的情况下是有效的。但为了确保协议的履行和权益的实现，双方应签订书面协议、办理相关手续，并在必要时寻求法律支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。