用查封的房屋签订的抵顶工程款的协议，其效力需分情况讨论：

1. 协议本身的有效性：

   • 从合同法的角度来看，如果双方意思表示真实，且协议内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议在形式上是有效的。也就是说，如果双方就查封的房屋抵顶工程款达成了一致，并且这个协议是双方真实意愿的体现，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么协议本身是可以成立的。

2. 查封房屋对协议履行的影响：

   • 然而，查封的房屋在法律上处于被限制处置的状态。根据相关法律规定，被查封的财产不得进行转让、抵押等处分行为，以确保将来判决的执行。因此，尽管协议本身可能有效，但由于房屋被查封，双方可能无法按照协议约定完成房屋的过户手续，即协议的实际履行可能受到阻碍。

3. 法律后果与风险：

   • 如果双方明知房屋被查封仍签订抵顶协议，并试图通过该协议规避法律限制，那么这种行为可能构成恶意串通，损害第三人利益，根据法律规定，这样的协议可能是无效的。
   • 即使协议本身不被认定为无效，但由于房屋无法过户，接受房屋的一方可能面临无法取得房屋所有权的风险。同时，如果查封是因为原房屋所有人的债务问题，那么接受房屋的一方还可能面临因房屋被拍卖、变卖而失去房屋的风险。

4. 建议与措施：

   • 在签订抵顶工程款协议前，务必对房屋的权属状况进行充分调查，确认房屋是否存在查封、抵押等限制处置的情况。
   • 如果房屋确实被查封，建议双方协商其他抵顶方式，如选择其他未被查封的财产进行抵顶，或者等待查封解除后再进行房屋过户。
   • 如果双方坚持使用查封的房屋进行抵顶，建议咨询专业律师，了解相关法律风险，并在协议中明确约定因房屋查封导致的无法过户等风险的承担方式。

总结来说，用查封的房屋签订的抵顶工程款的协议，在形式上可能有效，但由于房屋被查封，协议的实际履行可能受到阻碍，并可能面临法律风险和后果。因此，在签订此类协议时，务必谨慎对待，充分了解相关法律风险，并在必要时咨询专业律师的意见。如果你有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。