结论：工抵房协议注明抵90万工程款，结算后多退少补，此协议本身并不能直接定为已清偿了旧债，是否构成旧债的清偿需根据协议的实际履行情况及相关法律规定综合判断。
分析说明：
协议性质与目的：
- 工抵房协议，本质上是一种以物抵债的协议，即债务人（或相关方）以其所有的房屋来抵偿所欠债权人的债务。此类协议的目的在于通过房屋的交付来消灭或部分消灭原有的债务关系。
- 在本案例中，协议注明抵90万工程款，并约定结算后多退少补，这表明双方对抵债的金额有明确的约定，并预留了根据实际结算情况进行调整的空间。
协议履行与旧债清偿：
- 协议的签订并不等同于旧债的清偿。旧债的清偿需要债务人实际履行协议中的义务，即交付房屋，并完成所有权的转移。
- 若协议签订后，债务人未按照约定交付房屋，或交付的房屋存在权利瑕疵（如被查封、抵押等），则不能视为旧债已清偿。
- 结算后多退少补的约定，意味着双方还需根据实际工程款进行结算，并根据结算结果调整抵债金额。因此，在结算完成并实际履行调整后的义务前，也不能确定旧债已完全清偿。
法律后果与风险：
- 若债务人未按照协议履行义务，债权人有权要求债务人继续履行或承担违约责任。
- 若因房屋交付问题导致旧债未能清偿，债权人可能面临无法及时收回款项的风险。因此，在签订工抵房协议时，债权人应谨慎审查房屋的权利状况、交付条件等，并考虑在协议中设置相应的保障条款（如违约责任、担保条款等）。
法律建议：
- 审查协议条款：在签订工抵房协议前，务必仔细审查协议条款，确保协议内容明确、具体，并符合双方的真实意愿。
- 关注房屋状况：对抵债房屋进行充分的调查和了解，包括房屋的权利状况、交付条件、是否存在纠纷等，以降低风险。
- 保留证据：在协议履行过程中，注意保留相关证据（如房屋交付凭证、结算单据等），以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
- 及时咨询：若对协议内容或履行情况存在疑问，或遇到法律纠纷，应及时向我咨询，以便获得专业的法律建议和支持。
特殊场景说明：
- 若协议签订后，双方已按照约定完成了房屋的交付和所有权的转移，且结算后无需多退少补或已实际完成多退少补的调整，则此时可以认为旧债已清偿。
- 若因特殊原因（如政策变化、不可抗力等）导致协议无法履行或部分无法履行，双方应根据实际情况协商解决，并可能涉及协议的变更或解除。在此情况下，旧债的清偿问题也需根据协商结果或法律规定进行判断。