结论：员工在工厂提出辞职但工厂不让走还扣工资的行为是违法的，员工可以通过多种途径来维护自己的合法权益。
一、明确法律规定
劳动者辞职权：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在试用期内，提前三日通知即可。这意味着，劳动者有单方面解除劳动合同的权利，无需征得用人单位（即工厂）的同意。
工资支付保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。工厂扣押工资的行为明显违反了这一规定。
二、采取合理措施
书面提交辞职信：
- 确保以书面形式（如邮件、挂号信或当面递交）向工厂提交辞职信，并保留好相关证据（如邮寄凭证、签收记录等）。在辞职信中明确表明离职意愿及预计离职日期，并依据法律规定给出合理的通知期。
与工厂协商沟通：
- 主动与工厂管理层进行沟通，了解不批准辞职的具体原因。尝试通过协商解决问题，如调整工作交接安排、解释个人离职的合理性等。但需注意，协商并不意味着必须接受工厂的不合理要求。
收集保存证据：
- 保存劳动合同、考勤记录、工资条等能证明劳动关系和工资标准的材料。同时，记录工厂扣押工资、限制离职等行为的时间、地点、涉及人员及具体经过。这些证据在后续维权过程中将起到关键作用。
寻求外部帮助：
- 向当地劳动监察部门投诉：举报工厂的违法行为，劳动监察部门将依法进行调查处理。
- 申请劳动仲裁：要求裁决工厂支付被扣工资、经济补偿金等。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力。
- 向法院提起诉讼：若对仲裁结果不满意，可向法院提起诉讼，通过司法程序维护权益。法院将依法审理案件，并作出公正判决。
三、注意事项
避免过激行为：
- 在维权过程中保持冷静理性，避免因情绪化举动导致矛盾激化。过激行为不仅可能损害自身形象，还可能影响维权效果。
及时采取行动：
- 发现权益受损后应尽快启动维权程序，防止因超过时效影响救济效果。劳动争议的仲裁时效和诉讼时效均有一定限制，因此及时行动至关重要。
四、可能的法律后果
- 如果工厂被认定存在违法行为，将可能面临劳动保障行政部门的处罚，包括责令限期支付劳动者的工资报酬、加付赔偿金等。同时，工厂还可能因违法行为而承担民事赔偿责任，如支付被扣工资、经济补偿金等。
作为张远梅律师，我建议你按照上述步骤来维护自己的合法权益。如果你在维权过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。