针对您提出的“在机关单位干了13年后来离职了，退休的时候这13年的待遇怎么算”的问题，这实际上涉及到了两个主要方面：一是离职时的经济补偿或待遇问题，二是退休时与这13年工作经历相关的待遇问题。由于退休待遇的计算通常与社保缴纳年限、个人账户余额、退休年龄等多个因素有关，且机关单位与一般企业的退休制度可能存在差异，我将主要从离职时的经济补偿角度，结合一般劳动法的规定，给您一个概括性的解答，并建议您咨询当地社保部门或机关单位人事部门以获取更准确的退休待遇信息。
离职时的经济补偿
协商一致离职：
- 如果您与机关单位协商一致离职，且离职并非由于您的过错导致，那么根据《劳动合同法》的相关规定，机关单位可能需要按照您在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向您支付经济补偿。对于您工作了13年的情况，即可能支付13个月的工资作为经济补偿。但需要注意的是，机关单位可能遵循的是特定的公务员或事业单位人员离职规定，这些规定可能与一般企业的《劳动合同法》有所不同。
非过失性离职：
- 如果因机关单位客观原因（如机构改革、岗位调整等）导致您无法继续履行劳动合同，且离职并非由于您的过错，那么机关单位同样可能需要支付经济补偿，标准可能与协商一致离职相同。
因过错离职：
- 如果您存在严重违反机关单位规章制度、严重失职等过错情形，导致机关单位解除与您的劳动合同，那么机关单位可能无需支付经济补偿。
退休时的待遇问题
- 退休时的待遇主要与您的社保缴纳年限、个人账户余额、退休年龄以及机关单位的退休制度有关。一般来说，您在机关单位工作的13年期间，如果正常缴纳了社保，那么这13年的社保缴纳年限将会计入您的总缴纳年限，影响您的退休金水平。
- 此外，机关单位可能还有特定的退休金计算方法或补充养老保险制度，这将进一步影响您的退休待遇。因此，要准确计算您退休时的待遇，需要了解您所在机关单位的具体退休制度以及您的社保缴纳情况。
建议
- 由于机关单位的离职和退休制度可能较为复杂，且各地政策可能存在差异，我建议您直接咨询您所在机关单位的人事部门或当地社保部门，以获取关于您离职时经济补偿和退休时待遇的具体信息。
- 同时，您也可以查阅相关的法律法规和政策文件，了解自己的权益和待遇计算方法。
综上所述，离职时的经济补偿可能根据离职原因和机关单位的规定而有所不同，而退休时的待遇则主要与您的社保缴纳年限和机关单位的退休制度有关。为了获取最准确的信息，建议您直接咨询相关部门或查阅相关政策文件。