结论：由于项目负责人的过错造成公司重大经济损失，公司可以按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，且经济损失的赔偿可以从其工资中扣除，但扣除需遵循一定的限制条件。

详细分析：

1. 公司无直接罚款权：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，企业并不具备直接对员工进行罚款的法定权利。罚款是行政处罚的一种，而企业并非行政机关，因此无权直接对员工实施罚款。

2. 合法扣除工资的情形：

   • 根据《工资支付暂行规定（1994年版）》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
   • 这意味着，如果项目负责人因过错造成公司经济损失，公司可以依据劳动合同的约定，要求其赔偿经济损失，并从其工资中扣除相应金额，但扣除的比例和剩余工资有明确的限制。

3. 公司应如何合法处理：

   • 明确赔偿依据：公司应确保有明确的劳动合同约定或公司规章制度作为赔偿依据，且这些约定或制度需合法合规，不得违反国家法律法规。
   • 合理确定赔偿金额：赔偿金额应基于项目负责人造成的实际经济损失进行合理确定，并确保扣除后的工资不低于当地月最低工资标准。公司应避免随意设定赔偿金额，以免构成克扣工资。
   • 遵循扣除程序：在扣除项目负责人工资作为赔偿时，公司应遵循《工资支付暂行规定》中的程序要求，即每月扣除的部分不得超过其当月工资的20%，并确保剩余工资部分不低于当地月最低工资标准。
   • 沟通与协商：在要求项目负责人赔偿前，公司应与其进行充分沟通，解释赔偿的原因和依据，并听取其意见和解释。通过协商达成一致的赔偿方案，有助于维护公司与员工之间的和谐关系。

4. 项目负责人的权益保护：

   • 项目负责人在面对赔偿要求时，有权了解自己的权益和赔偿的合法性。若认为赔偿不合理或存在争议，可以向企业劳动争议调解委员会申请调解，或直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

建议：

• 公司应制定完善的劳动合同和规章制度，明确员工因过错造成经济损失时的赔偿责任和赔偿方式。
• 在处理此类事件时，公司应遵循法律法规的规定，确保赔偿的合法性和合理性。
• 项目负责人应了解自己的权益和赔偿的合法性，若存在争议，应积极寻求法律途径解决。

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