结论：员工造成公司经济损失时，公司在特定条件下可以扣除其工资作为赔偿，但必须严格遵守法律规定和限制。
法律依据与具体规定
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并可从其工资中扣除赔偿金。然而，这一权利的行使受到严格的法律约束，具体如下：
明确的因果关系：
- 公司必须证明存在实际的经济损失，并且该损失是由员工的个人行为直接导致的。例如，员工因重大过失导致设备损坏、客户流失或数据泄露，由此产生的维修费用、客户赔偿费用或数据恢复费用等，均可视为公司的经济损失。
合同或规章制度的明确约定：
- 用人单位与劳动者在劳动合同中应明确约定员工给公司造成损失时的赔偿责任和方式。
- 或者，公司的规章制度中应有清晰、合理的规定，且该规章制度需经过合法程序制定并向劳动者公示或告知。例如，规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定，并确保劳动者知晓并同意。
扣除比例和金额限制：
- 公司每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果扣除后剩余工资低于最低工资标准，公司应按最低工资标准支付。
扣除工资的具体情形与示例
员工故意或重大过失：
- 如员工故意违反操作规程导致设备损坏，或因重大过失导致客户流失，公司有权要求员工赔偿，并可从其工资中扣除相应金额。
- 示例：某员工因操作不当导致一台价值10万元的设备损坏，公司经评估后确定维修费用为5万元。若该员工月工资为8000元，公司每月最多可扣除其工资的20%，即1600元，直至赔偿完毕。
员工泄露公司商业秘密：
- 如员工故意泄露公司商业秘密，导致公司遭受重大经济损失，公司有权要求员工赔偿，并可从其工资中扣除相应金额。
- 示例：某员工泄露公司客户名单，导致公司失去多个重要客户，造成直接经济损失20万元。公司经评估后确定赔偿金额为10万元。若该员工月工资为1万元，公司每月最多可扣除其工资的20%，即2000元，直至赔偿完毕。
不能扣除工资的情形
损失与员工无关：
- 如因不可抗力（如自然灾害、战争等）或市场因素（如产品滞销、价格波动等）导致的公司损失，与员工个人行为无关，公司无权从员工工资中扣除赔偿金。
缺乏合理依据：
- 公司未与员工在劳动合同中约定赔偿事宜，或无相关合法有效的规章制度支撑，公司不得随意扣除员工工资。
扣除比例超限：
- 即使员工造成了损失，但公司扣除工资的比例超过了法定限制（即每月不得超过员工当月工资的20%），或扣除后剩余工资低于最低工资标准，公司均不得扣除。
法律途径与争议解决
- 协商解决：员工认为公司扣工资行为不合理时，首先应与公司进行协商，尝试达成和解。
- 投诉与仲裁：协商不成时，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
- 法律诉讼：对于特别重大的损失，若扣工资无法解决问题，公司可以通过法律途径起诉员工，寻求进一步的赔偿。
总结与建议
公司在扣除员工工资以赔偿损失时，必须确保行为合法、合规，并遵循严格的条件和限制。同时，建议公司与员工加强沟通，通过协商解决问题；若无法协商，则应依法采取相应措施来维护各自权益。员工也应了解自己的权益和义务，在遭遇不合理扣除时及时采取法律措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。