公司不能随意因员工造成损失就扣除其工资，必须遵循相关法律规定。

根据《工资支付暂行规定》第十六条，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，赔偿款可从劳动者工资中扣除，但需满足以下条件：

1. 经济损失明确：公司需有确凿证据证明员工的行为直接导致了公司的实际经济损失，且损失的具体金额能够准确计算。
2. 员工过错程度：员工的行为需构成故意或重大过失，一般的工作失误不构成赔偿的前提。
3. 合同或规章制度约定：用人单位与劳动者之间应有明确的赔偿约定，该约定通常体现在劳动合同或公司规章制度中，且规章制度需经过民主程序制定并向劳动者公示。
4. 扣除限制：每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余的工资不得低于当地月最低工资标准。

例如，若员工小李因工作中的重大过失给公司造成了2000元的经济损失，且公司与小李的劳动合同中明确约定了赔偿办法，则公司可以从小李的工资中扣除赔偿款，但每月扣除的金额不得超过小李当月工资的20%。若连续扣除两个月，即可弥补公司损失，同时需确保扣除后小李的剩余工资不低于当地月最低工资标准。

因此，在处理员工因造成公司损失而需扣除工资的情况时，公司应严格遵循上述法律规定，确保扣除行为的合法性和合理性。如有任何疑问或争议，建议公司与员工协商解决，或咨询专业律师以获取更详细的法律指导。