结论：员工给公司造成损失时，公司在特定条件下可以扣除其工资作为赔偿，但必须严格遵守法律规定和限制。
法律依据与具体规定
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，并可从其工资中扣除赔偿金。但这一权利的行使受到严格的法律约束，具体如下：
明确的因果关系：
- 公司必须证明存在实际的经济损失，并且该损失是由员工的个人行为直接导致的。例如，员工因重大过失导致设备损坏或客户流失，由此产生的费用可视为公司的经济损失。
合同或规章制度的明确约定：
- 用人单位与劳动者在劳动合同中应明确约定员工给公司造成损失时的赔偿责任和方式。
- 或者，公司的规章制度中应有清晰、合理的规定，且该规章制度需经过合法程序制定并向劳动者公示或告知。例如，规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定，并确保劳动者知晓。
扣除比例和金额限制：
- 公司每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果扣除后剩余工资低于最低工资标准，公司应按最低工资标准支付。
具体情形分析
员工存在故意或重大过失：
- 如果员工在工作中因故意或重大过失导致公司经济损失，如玩忽职守、违反操作流程等，公司有权要求员工赔偿，并可从其工资中扣除赔偿金。
员工无过错或轻微过失：
- 如果员工只是因一般的工作失误造成轻微损失，且公司没有相应的明确规定，公司则不能随意扣除工资。此时，公司应通过其他方式处理，如加强培训、改进工作流程等。
损失与员工行为无直接因果关系：
- 如果损失是由不可抗力（如自然灾害）或市场因素（如产品滞销）导致的，与员工个人行为无关，公司则无权从工资中扣除赔偿金。
特殊情况与处理建议
- 非工作相关损失：如果损失是由员工在工作以外的行为造成的，公司无权从工资中扣除赔偿金。
- 员工权益保护：在任何情况下，公司都应尊重员工的合法权益。如果员工认为公司扣除工资的行为不合法，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。
- 协商与沟通：在扣除工资前，公司应当与员工进行沟通，明确说明扣除的原因、依据和数额，确保员工了解并认可扣除行为。这有助于减少纠纷和误解。
示例说明
假设某员工因重大过失导致公司设备损坏，维修费用为5000元。公司与该员工在劳动合同中明确约定了因员工原因造成损失时的赔偿责任和扣除工资的方式。根据当地最低工资标准，该员工当月工资为3000元。那么，公司每月最多只能扣除该员工工资的20%，即600元。如果公司决定分10个月扣除赔偿金，则每月扣除600元，扣除后剩余工资为2400元，仍高于当地最低工资标准。
总结：公司在员工造成损失时扣除工资，必须遵循严格的法律规定和限制。这包括确保损失的明确性、与员工行为的直接因果关系、合同或规章制度的明确约定，以及扣除比例和金额的合法性。同时，公司也应尊重员工的合法权益，避免随意扣除工资，以免引发不必要的法律纠纷。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。