员工给公司造成损失时，公司在特定条件下确实可以扣除其工资作为赔偿，但这一行为必须严格遵守法律规定和限制。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位有权要求劳动者赔偿，并可从其工资中扣除赔偿金。但这一权利的行使并非无限制，而是受到法律的严格约束。
二、扣除工资的条件
明确的因果关系：
- 公司必须能够证明存在实际的经济损失，并且该损失是由员工的个人行为直接导致的。例如，员工因重大过失导致设备损坏、客户流失或数据泄露等，由此产生的直接费用可视为公司的经济损失。
合同或规章制度的明确约定：
- 用人单位与劳动者在劳动合同中应明确约定员工给公司造成损失时的赔偿责任和方式。
- 或者，公司的规章制度中应有清晰、合理的规定，且该规章制度需经过合法程序制定，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定，并确保劳动者知晓。
扣除比例和金额限制：
- 公司每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果扣除后剩余工资低于最低工资标准，公司应按最低工资标准支付。
三、特殊情况与处理
轻微过失或无明确规定：
- 如果员工只是因一般的工作失误造成轻微损失，且公司没有相应的明确规定，公司则不能随意扣除工资。此时，公司应通过加强培训、改进工作流程等方式来预防类似情况再次发生。
非工作相关损失：
- 如果损失是由员工在工作以外的行为造成的，如个人债务纠纷、违法行为等，公司无权从工资中扣除赔偿金。
员工权益保护：
- 在任何情况下，公司都应尊重员工的合法权益。如果员工认为公司扣除工资的行为不合法或不合理，可以通过与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。
四、处理建议与流程
协商沟通：
- 当员工给公司造成损失时，公司应先与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。这有助于维护良好的劳动关系，避免不必要的法律纠纷。
法律途径：
- 若无法协商一致，公司可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的权益。在申请仲裁或提起诉讼前，公司应确保已收集充分的证据来证明损失的存在、与员工行为的因果关系以及扣除工资的合法性。
劳动者配合：
- 劳动者应积极配合公司的调查处理，并承担相应的责任。如果劳动者对公司的处理决定有异议，可以通过合法途径来表达自己的诉求。
总结：公司在员工造成损失时扣除工资，必须遵循严格的法律规定和限制。这包括确保损失的明确性、与员工行为的直接因果关系、合同或规章制度的明确约定，以及扣除比例和金额的合法性。同时，公司也应尊重员工的合法权益，避免随意扣除工资，以免引发不必要的法律纠纷。建议公司与员工加强沟通，通过协商解决问题；若无法协商，则应依法采取相应措施来维护各自权益。