结论：借调到上级部门6年，工资一直按原单位发放，这一做法是否合理，需根据借调的具体情况、借调协议的内容以及相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：

一、借调协议的约定

1. 若借调协议中有明确约定：

   • 如果借调协议中明确规定了工资发放的主体、标准、时间等，且原单位按照协议约定发放工资，那么这一做法是合理的。因为双方已经通过协议明确了各自的权利和义务，原单位按照协议执行即可。

2. 若借调协议中未明确约定或约定不明确：

   • 如果借调协议中没有明确规定工资发放的相关事宜，或者约定不明确，那么就需要根据相关法律法规和实际情况来判断。在这种情况下，原单位继续发放工资可能并不当然合理，因为借调期间员工的工作地点、工作内容等可能已经发生了变化，工资发放也应相应调整。

二、相关法律法规的规定

1. 工资支付原则：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论员工是否被借调，其工资都应当得到及时、足额的支付。

2. 借调期间的工资支付：

   • 借调期间，员工的劳动关系仍然保留在原单位，但实际工作可能在上级部门进行。在这种情况下，工资支付的责任主体可能因借调协议的具体内容而有所不同。如果借调协议没有明确规定，那么原单位和上级部门应当协商确定工资支付的责任主体，并确保员工的工资得到及时、足额的支付。

三、实际操作中的建议

1. 审查借调协议：

   • 首先，建议审查借调协议的具体内容，特别是关于工资发放的部分。如果协议中有明确规定，且原单位按照协议执行，那么这一做法就是合理的。

2. 与上级部门和原单位沟通：

   • 如果借调协议中没有明确规定工资发放的相关事宜，或者您对协议内容有疑问，建议与上级部门和原单位进行沟通，明确工资支付的责任主体和支付方式。

3. 寻求法律援助：

   • 如果沟通无果，或者您认为自己的权益受到了侵害，可以寻求法律援助或咨询专业律师（比如我），了解自己的法律权益和可能的维权途径。

总结：借调到上级部门6年，工资一直按原单位发放是否合理，需根据借调协议的具体内容和相关法律法规来判断。如果协议中有明确规定且原单位按照协议执行，则是合理的；如果协议中没有明确规定或您对协议内容有疑问，建议与上级部门和原单位沟通并寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。