借调单位发工资是否合法，需根据具体情况和双方约定来判断，但总体原则是工资发放应保障借调员工的合法权益。以下是对此问题的详细分析：

一、工资发放的一般原则

在大多数情况下，借调人员的工资应由原单位（借出单位）发放。这是因为借调仅改变了员工的工作地点和任务，其人事关系和劳动关系依然保留在原单位。原单位应按照正常的工资发放流程，为借调人员支付工资、奖金、福利等各项薪酬待遇，并负责缴纳社保等费用。这一原则符合《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，即用人单位应按照劳动合同约定和国家规定向劳动者及时足额支付劳动报酬。

二、协商约定的特殊情况

1. 由借调单位发放：

   • 在某些特殊情况下，原单位与借调单位会协商约定，借调期间借调人员的工资由借调单位承担。这通常是因为借调人员参与借调单位的特定项目或工作，且该工作对借调单位具有重要意义，或者借调单位有相关的经费安排来支持借调人员的薪酬。
   • 法律依据：虽然《中华人民共和国劳动合同法》未直接规定借调工资的发放方式，但根据该法第三十条，用人单位（在此可理解为原单位与借调单位通过协商确定的支付方）应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。因此，若双方协商一致由借调单位发放工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则视为合法。

2. 部分补贴由借调单位发放：

   • 还存在一种情况，即原单位发放基本工资，而借调单位根据借调人员的工作情况发放额外补贴。这种补贴通常是对借调人员在借调期间额外工作付出的一种补偿，旨在激励借调人员更好地完成工作任务。
   • 注意事项：此时，借调单位发放的补贴应明确为“额外补贴”或“津贴”，而非替代原单位应发放的基本工资。同时，双方应在借调协议中明确补贴的发放标准、方式和时间等。

三、保障借调员工的合法权益

无论工资由哪方发放，都应确保借调员工的合法权益得到充分保障。这包括但不限于：

• 工资待遇：借调人员的工资待遇应不低于其在原单位的水平，且应按时足额发放。
• 工作时间与休息休假：借调人员应享受与原单位相同的工作时间和休息休假制度。
• 社会保险：借调人员的社会保险应由原单位负责缴纳，确保其社会保障权益不受损害。

四、实际操作建议

1. 签订书面协议：原单位与借调单位应签订书面借调协议，明确工资发放的主体、方式、标准和时间等关键条款。这有助于避免潜在的纠纷和风险。
2. 保留沟通记录：双方应保留与借调工资发放相关的沟通记录（如邮件、会议纪要等），作为维权证据。
3. 定期核对工资条：借调人员应定期核对工资条，确认发放主体及金额是否符合约定。

五、法律后果

若因借调工资发放问题引发纠纷，借调人员可依法向劳动监察部门投诉或通过仲裁/诉讼解决。若借调单位未按约定发放工资或损害借调人员合法权益的，可能面临法律责任和赔偿义务。

总结：借调单位发工资是否合法取决于双方的具体约定和法律法规的要求。在一般情况下，工资由原单位发放；但在特殊情况下，也可能由借调单位全部或部分承担。无论如何，都应遵循法律法规，确保借调员工的合法权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。