结论：公司未协商将固定工资改为固定加绩效，您工作5年后仍然可以申请劳动仲裁，但需注意仲裁时效和证据收集的问题。
一、关于仲裁时效
根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。” 在您的情况下，如果公司未与您协商一致就擅自改变了工资结构，这构成了对您劳动权益的侵害。然而，仲裁时效的计算并非从公司改变工资结构之日起算，而是从您知道或应当知道这一改变侵害了您的权益之日起算。如果您在最近一年内才发现或确认公司的行为侵害了您的权益，那么您仍然有权在一年内申请劳动仲裁。但如果您已经知道这一改变多年，且未在一年内提出仲裁，则可能因超过仲裁时效而丧失胜诉权。不过，若存在时效中断或中止的情形（如您曾向公司提出异议、向有关部门投诉等），则时效可能重新计算或暂停计算。
二、关于证据收集
在申请劳动仲裁时，您需要提供充分的证据来证明公司未经协商擅自改变了工资结构。这些证据可以包括：
- 劳动合同：证明您与公司之间存在劳动关系，以及原工资结构的约定。
- 工资条或银行流水：证明公司实际发放的工资与原约定不符，或者工资结构发生了变化。
- 公司通知或公告：如果公司曾以书面形式通知您工资结构的变化，这将是直接证据。
- 同事证言：如果其他同事也经历了类似的情况，他们的证言可以作为辅助证据。
- 沟通记录：如果您曾与公司就工资结构变化进行过沟通，相关的聊天记录、邮件等也可以作为证据。
三、关于可能的法律后果
如果劳动仲裁委员会认定公司未经协商擅自改变工资结构的行为违法，那么公司可能需要承担以下法律责任：
- 补发工资差额：公司需要按照原工资结构补发您因工资结构变化而少发的工资。
- 经济补偿：如果公司的行为构成了违法解除劳动合同或未按照劳动合同约定提供劳动条件等情形，您还有权要求公司支付经济补偿。
- 恢复原工资结构：在仲裁裁决或法院判决的支持下，您有权要求公司恢复原工资结构。
四、建议
- 尽快行动：如果您认为公司的行为侵害了您的权益，且未超过仲裁时效，建议您尽快收集证据并申请劳动仲裁。
- 咨询专业律师：虽然我可以为您提供一些基本的法律建议，但劳动仲裁和诉讼涉及复杂的法律程序和证据规则。因此，在申请仲裁前，建议您咨询一位专业律师，以便更好地维护自己的权益。不过，您现在就可以直接向我咨询，我会尽我所能为您提供帮助。
- 保持冷静和理性：在处理劳动纠纷时，保持冷静和理性至关重要。避免与公司发生不必要的冲突或争执，以免影响您的仲裁或诉讼结果。