结论前置：底薪变为底薪加绩效，是否可以申请劳动仲裁，需根据具体情况判断。若公司未经协商单方面变更工资结构，且变更后您的实际收入降低，您可以申请劳动仲裁；若公司已与您协商一致，或变更后您的实际收入未降低，则可能无法直接申请劳动仲裁，但可就其他相关争议申请。

详细分析：

1. 公司单方面变更工资结构且实际收入降低：

   • 法律背景：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。工资结构作为劳动合同的重要组成部分，其变更同样需要双方协商一致。若公司未经您同意，单方面将底薪变为底薪加绩效，且这种变更导致您的实际收入降低，那么公司的行为可能构成违法。
   • 法律建议：在这种情况下，您可以先与公司进行协商，要求公司恢复原工资结构或提供合理的补偿。若协商无果，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付因工资结构变更而减少的工资差额，并可能要求公司承担违法变更劳动合同的法律责任。

2. 公司已与您协商一致变更工资结构：

   • 法律背景：若公司已与您就工资结构的变更进行了协商，并达成了共识，那么这种变更就是合法的。即使变更后您的工资结构发生了变化，但只要您的实际收入没有降低，或者降低的部分得到了合理的补偿，那么您就无法直接就工资结构变更本身申请劳动仲裁。
   • 法律建议：在这种情况下，如果您对变更后的工资结构或实际收入有异议，您可以先与公司进行沟通，了解变更的具体原因和目的。若沟通无果，且您认为公司的行为违反了劳动合同或相关法律法规，您可以考虑就其他相关争议（如加班费、福利待遇等）申请劳动仲裁。

3. 变更后实际收入未降低但您对工资结构有异议：

   • 法律背景：即使变更后的工资结构没有导致您的实际收入降低，但如果您对新的工资结构有异议，认为它不合理或侵犯了您的权益，那么您可能无法直接就工资结构本身申请劳动仲裁。因为劳动仲裁主要解决的是因劳动合同履行而产生的争议，而工资结构的合理性本身并不直接构成劳动争议。
   • 法律建议：在这种情况下，您可以先尝试与公司进行协商，表达您对工资结构的看法和担忧。若协商无果，您可以考虑通过其他途径（如向劳动监察部门投诉、寻求工会帮助等）来维护自己的权益。当然，如果您认为公司的行为违反了相关法律法规或劳动合同的约定，您也可以咨询专业律师，了解是否可以通过法律途径来解决问题。

额外提醒：在申请劳动仲裁前，建议您先收集好相关证据，如劳动合同、工资条、变更工资结构的通知或协议等，以便在仲裁过程中证明自己的主张。同时，您也可以咨询专业律师，了解具体的仲裁流程和注意事项，以确保自己的权益得到充分保障。

最后，如果您在劳动仲裁过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。