申请在职仲裁（劳动仲裁）确实存在被公司报复的可能性，但劳动者依法享有维权权利，且有多种法律途径和机制保障其权益不受侵害。因此，劳动者在面对劳动争议时，应勇敢维护自身合法权益，不必过分担忧报复问题。以下从多个角度为你详细分析：

一、公司可能采取的报复行为

1. 直接报复：

   • 解雇或调岗降薪：公司可能以不合理的理由解雇你，或未经协商一致擅自调岗降薪。例如，你因加班费问题申请仲裁后，公司突然以“工作态度不积极”为由将你解雇，或未经你同意将你从技术岗位调至销售岗位，并降低薪资。
   • 言语或行为骚扰：在工作场合对你进行辱骂、威胁，或故意安排不合理的工作任务。比如，公司领导在会议上公开指责你“不识好歹”，或故意给你分配超出你能力范围的工作任务，企图让你知难而退。

2. 间接报复：

   • 散布不实言论：在行业内散布不利于你的言论，影响你的职业发展。例如，公司向其他合作单位或潜在雇主传播你“不诚信”、“难相处”等不实信息，导致你失去工作机会或职业发展受阻。
   • 刁难离职手续：在离职手续办理、工资结算等方面故意刁难。比如，你申请仲裁后决定离职，但公司在办理离职手续时故意拖延，或以各种理由扣减你的工资、奖金等。

二、法律保护与应对机制

尽管存在报复风险，但劳动者不必过于担忧，因为有多重法律保护和应对机制：

1. 法律严格保护：我国劳动法律法规明确保护劳动者申请仲裁等合法维权的权利。公司若报复，将面临法律责任，如支付赔偿金等。根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，公司不得因劳动者依法行使权利而对其进行报复或解雇。

2. 收集证据与投诉：一旦遭遇报复，你应保留相关证据，如工资条、银行流水、岗位调动通知、沟通记录等，并及时向劳动监察部门、行业主管部门反映情况，要求依法处理。例如，你可以向当地劳动监察大队投诉公司的不合理调岗降薪行为，并提供相关证据支持你的诉求。

3. 仲裁机构公正裁决：仲裁机构在审理和裁决过程中秉持公正、公平原则，保障劳动者合法权益。如果你再次因公司报复行为产生新的劳动争议，可以依法再次申请仲裁，仲裁机构将根据你的诉求和证据进行公正裁决。

4. 理性应对与寻求帮助：在面对公司报复时，你应保持理性和冷静，避免陷入不必要的麻烦。同时，你可以寻求工会、行业协会等组织的帮助，或向我咨询专业法律建议，制定合适的维权方案。

三、申请劳动仲裁的注意事项

为确保劳动仲裁的有效性和成功率，同时降低被报复的风险，你在申请时应注意以下事项：

1. 仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从你知道或应当知道权利被侵害之日起计算。因此，你应及时行使权利，避免超过时效期间。

2. 充分收集证据：包括劳动合同、工资条、考勤记录、工作证、解除通知等，以证明劳动关系及争议事实。这些证据将在仲裁过程中发挥关键作用，支持你的诉求。

3. 明确仲裁请求：你的诉求应合理合法，计算准确。例如，如果你要求公司支付拖欠的工资，应明确工资的具体数额和计算方式；如果你要求公司支付经济补偿或赔偿金，应依据相关法律法规和公司实际情况进行合理计算。

4. 确定仲裁机构：通常为劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会。你应根据实际情况选择合适的仲裁机构，并了解其受理范围和程序要求。

5. 遵守仲裁程序：按要求提交仲裁申请书、证据材料，按时参加庭审等。在仲裁过程中，你应积极配合仲裁机构的工作，遵守仲裁程序和要求，以确保仲裁活动的顺利进行。

总结与建议：虽然申请劳动仲裁存在被公司报复的风险，但劳动者不应因此而放弃维权。相反，应充分利用法律武器和保障机制，勇敢维护自身合法权益。同时，在申请劳动仲裁时，你也应注意遵守相关法律法规和程序要求，以确保维权活动的有效性和成功率。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。