事业单位员工连续请假2天是否要扣除年休假，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、年休假的基本规定
根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，职工连续工作满12个月以上的，享受带薪年休假。年休假的天数根据职工累计工作年限确定，工作满1年不满10年的，年休假5天；工作满10年不满20年的，年休假10天；工作满20年的，年休假15天。年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。
二、请假与年休假的关系
请假性质：
- 如果员工请的是病假、事假等非带薪假期，且请假天数未超过其应享受的年休假天数，那么通常不会直接扣除年休假。但具体是否扣除，还需看单位内部的规章制度或劳动合同中的约定。
- 如果员工请的是带薪年休假，那么请假天数自然会从其应享受的年休假天数中扣除。
单位规章制度：
- 事业单位通常会有自己的规章制度，对员工的请假、年休假等事项进行具体规定。因此，员工在请假前，应仔细阅读单位的相关规章制度，了解请假是否会影响年休假。
- 如果单位规章制度中明确规定，连续请假达到一定天数（如2天）将扣除相应天数的年休假，那么员工在请假时就需要考虑这一因素。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与单位之间约定权利义务的重要文件。如果劳动合同中明确规定了请假与年休假的关系，那么双方应按照劳动合同的约定执行。
三、实际操作建议
查阅单位规章制度：
- 员工在请假前，应首先查阅单位的相关规章制度，了解请假是否会影响年休假。如果规章制度中有明确规定，那么员工应按照规定执行。
与单位沟通：
- 如果员工对单位规章制度或劳动合同中的规定有疑问，或者认为规定不合理，可以与单位的人力资源部门或相关负责人进行沟通，寻求解释或协商解决方案。
保留证据：
- 在请假过程中，员工应保留好相关的请假申请、批准文件等证据，以备不时之需。如果因请假问题与单位发生纠纷，这些证据将有助于维护员工的合法权益。
总结来说，事业单位员工连续请假2天是否要扣除年休假，需根据单位规章制度、劳动合同中的约定以及请假性质等因素综合判断。如果员工对此有疑问或担忧，建议提前查阅相关规定并与单位进行沟通，以避免不必要的纠纷。如有任何法律疑问，可以直接向我咨询。