结论：考勤记录被删除后，能否要回5年前的加班费，需视具体情况而定，主要取决于加班事实的证据保留情况、诉讼时效是否已过以及用人单位的举证责任等因素。以下从这几个方面进行详细分析：
一、加班事实的证据保留
加班事实的证明：
- 根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十四条：“因用人单位作出的开除、除名、辞退、解除劳动合同、减少劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生的劳动争议，用人单位负举证责任。”虽然该条款未直接涉及加班事实的举证责任，但通常实践中，劳动者主张加班费的，需就加班事实的存在承担初步举证责任。
- 若考勤记录被删除，劳动者需寻找其他证据证明加班事实，如加班通知、工作邮件、工作记录、同事证言等。这些证据需能够形成完整的证据链，证明劳动者确实存在加班行为。
证据的收集与保存：
- 劳动者在平时工作中，应养成保存加班证据的习惯，如拍照、截图、保存邮件等，以便在需要时提供证明。
- 若用人单位有电子考勤系统，劳动者可尝试通过合法途径（如向用人单位申请查阅、复制等）获取考勤记录，或要求用人单位提供加班记录的备份。
二、诉讼时效问题
诉讼时效的规定：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。”
- 对于加班费的主张，通常认为从劳动者知道或应当知道加班事实及未支付加班费之日起计算诉讼时效。但若劳动者在离职后才发现用人单位未支付加班费，则诉讼时效可能从离职之日起计算。不过，对于持续存在的劳动关系中的加班费主张，诉讼时效的起算点可能更为复杂，需结合具体情况判断。
5年前加班费的诉讼时效：
- 若劳动者主张的是5年前的加班费，且在此期间未向用人单位提出过加班费主张，也未通过其他途径（如劳动监察、劳动仲裁等）维护过自己的权益，则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
- 但若劳动者能够证明在诉讼时效期间内曾向用人单位提出过加班费主张，或存在其他诉讼时效中断、中止的情形，则可能不受一年诉讼时效的限制。
三、用人单位的举证责任
举证责任倒置的情形：
- 在某些特定情况下，如用人单位掌握加班事实存在的证据（如考勤记录）却拒不提供，或提供的证据不真实、不完整，导致劳动者无法证明加班事实的，人民法院可能根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》等相关规定，将举证责任倒置给用人单位，即要求用人单位承担加班事实不存在的举证责任。
考勤记录删除的影响：
- 若用人单位故意删除考勤记录，以逃避支付加班费的责任，劳动者在提供初步证据证明加班事实存在的情况下，可要求用人单位承担举证责任。若用人单位无法提供相反证据证明加班事实不存在，则可能需承担不利后果。
四、建议与措施
收集证据：
- 劳动者应尽快收集其他能够证明加班事实的证据，如加班通知、工作邮件、工作记录、同事证言等。
咨询专业律师：
- 在提起劳动仲裁或诉讼前，建议劳动者咨询专业律师，了解自己的权益和诉讼风险，制定合理的维权策略。
及时主张权益：
- 若劳动者认为自己的加班费权益受到侵害，应及时向用人单位提出主张，或通过劳动监察、劳动仲裁等途径维护自己的权益，避免因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
总结来说，考勤记录被删除后，劳动者能否要回5年前的加班费，需根据加班事实的证据保留情况、诉讼时效是否已过以及用人单位的举证责任等因素综合判断。若劳动者能够提供充分证据证明加班事实存在，且未超过诉讼时效，或存在举证责任倒置的情形，则有可能要回加班费。因此，建议劳动者在平时工作中注意保存加班证据，并在权益受到侵害时及时主张。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。