结论：在劳动仲裁案尚未有结果的情况下，若仲裁失败，用人单位一般不能直接“反起诉”员工严重违反规章制度，但可以通过另行提起民事诉讼或依据仲裁结果及规章制度采取其他合法措施来维护权益。以下是对此问题的详细分析：

一、劳动仲裁与民事诉讼的关系

1. 劳动仲裁的前置性：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议案件一般需先经过劳动仲裁程序，对仲裁结果不服的，方可向人民法院提起诉讼。这意味着，劳动仲裁是解决劳动争议的前置程序，而非诉讼的预审或附带程序。

2. 仲裁与诉讼的独立性：劳动仲裁与民事诉讼是两个独立的程序，它们各自有其独立的受理范围、审理程序和裁决效力。因此，仲裁失败并不意味着可以直接在诉讼中“反起诉”对方，而是需要按照诉讼程序重新提起诉讼。

二、用人单位能否“反起诉”员工严重违反规章制度

1. “反起诉”的误解：在劳动争议中，不存在“反起诉”的概念。若用人单位认为员工存在严重违反规章制度的行为，且该行为给用人单位造成了损失，用人单位可以在仲裁或诉讼中提出相应的请求，如要求员工赔偿损失等，但这并非“反起诉”，而是基于同一劳动争议事实提出的反请求或抗辩。

2. 另行提起民事诉讼的可能性：如果劳动仲裁失败，且用人单位认为员工的行为确实构成了严重违反规章制度，且该行为与劳动争议无直接关联（如员工盗窃公司财物等），用人单位可以依据《民法典》等相关法律规定，另行向人民法院提起民事诉讼，要求员工承担相应的民事责任。但需要注意的是，这种情况下提起的诉讼与原劳动争议仲裁案件是独立的，需要分别进行审理。

三、用人单位的合法维权途径

1. 依据仲裁结果采取措施：如果劳动仲裁失败，用人单位应首先仔细分析仲裁裁决书，了解失败的原因和依据。如果认为仲裁裁决存在错误或不合理之处，可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，请求撤销或变更仲裁裁决。

2. 依据规章制度采取内部措施：如果员工确实存在严重违反规章制度的行为，且该行为未在仲裁或诉讼中得到处理，用人单位可以依据内部规章制度对员工进行相应的处理，如警告、记过、降职、解雇等。但需要注意的是，这些处理措施必须合法合规，且应确保员工的合法权益不受侵害。

四、建议与注意事项

1. 及时咨询专业律师：在处理劳动争议案件时，用人单位应及时咨询专业律师，了解相关法律法规和程序要求，确保自身权益得到合法维护。

2. 完善规章制度：用人单位应建立健全内部规章制度，明确员工的行为规范和奖惩措施，以便在发生争议时能够有据可依。

3. 保留证据：在处理劳动争议案件时，用人单位应妥善保留相关证据材料，如劳动合同、工资单、考勤记录、规章制度等，以便在仲裁或诉讼中能够提供有力的证据支持。

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