公司扣除员工以下款项不违法：

1. 依法代扣代缴的税费：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，公司作为扣缴义务人，有义务从员工的工资中代扣代缴个人所得税。这种扣除是合法的，且是员工的法定义务。

2. 依法代扣代缴的社会保险费用：

   • 根据《中华人民共和国社会保险法》及相关规定，公司需要为员工缴纳社会保险费用，包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险。其中，部分费用（如养老保险、医疗保险和失业保险的个人部分）需要从员工工资中扣除。这种扣除同样是合法的，且是为了保障员工的社会保险权益。

3. 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费：

   • 如果员工有抚养或赡养义务，且法院或裁定中明确要求从其工资中扣除一定金额作为抚养费或赡养费，那么公司按照法院或裁定的要求进行扣除也是合法的。

4. 员工因本人原因给公司造成经济损失的赔偿：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给公司造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从员工本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这种扣除是在特定条件下合法的，且需要遵循一定的限制和程序。

5. 员工违反公司规章制度或劳动合同约定的罚款：

   • 需注意，这一点的合法性存在争议，且并非所有罚款都合法。根据《劳动合同法》及相关规定，公司不得随意对员工进行罚款。但是，如果员工违反了公司明确的规章制度或劳动合同中的约定，且该规章制度或约定不违反法律、行政法规的规定，同时罚款金额合理且未超出员工当月工资的合理范围（一般也应遵循不超过当月工资20%的原则，并确保扣除后工资不低于最低工资标准），那么这种罚款可能被视为合法。然而，在实际操作中，公司应谨慎行使罚款权，并确保所有罚款都符合法律法规和劳动合同的规定。更稳妥且常见的做法是，公司通过绩效考核、奖金扣减等方式来管理员工行为，而非直接罚款。

法律建议：

• 对于公司而言，在扣除员工工资时，必须确保扣除的款项符合法律法规的规定，且遵循了合理的程序和限制。否则，公司可能面临法律风险和劳动争议。
• 对于员工而言，如果公司无故扣除工资或扣除的款项不符合法律法规的规定，员工有权向公司提出异议，并可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司违法扣除员工工资，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得赔偿。
• 在极端情况下，如果公司的违法行为严重损害了员工的权益，员工还可以考虑通过法律途径追究公司的法律责任。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。