扣除员工工资达到员工当月工资的20%以上，且扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准的，属于违法。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律规定

根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

二、具体情形分析

1. 扣除比例限制：

   • 用人单位在扣除员工工资时，必须严格遵守每月扣除部分不得超过员工当月工资20%的规定。这是为了保护员工的合法权益，防止用人单位过度扣除工资，影响员工的基本生活。

2. 最低工资标准保障：

   • 即使因员工原因给用人单位造成经济损失，扣除工资后，员工的剩余工资也不得低于当地月最低工资标准。这是法律对员工基本生活保障的底线要求，用人单位必须遵守。

3. 违法后果：

   • 如果用人单位违反上述规定，过度扣除员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位补发被扣除的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。

三、实际操作建议

1. 合同约定：

   • 用人单位在与员工签订劳动合同时，应明确约定因员工原因造成经济损失时的赔偿方式和扣除工资的比例。但约定不得违反法律法规的强制性规定。

2. 合理扣除：

   • 在实际操作中，用人单位应合理评估员工的过错程度和造成的经济损失，避免过度扣除工资。同时，应保留相关证据，以备不时之需。

3. 及时沟通：

   • 如果因员工原因造成经济损失，用人单位应及时与员工沟通，说明情况，并协商解决方案。避免因沟通不畅导致矛盾升级。

四、举例说明

假设某员工当月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。若该员工因个人原因给用人单位造成经济损失，用人单位按照劳动合同约定要求其赔偿。在扣除工资时，用人单位每月最多只能扣除该员工工资的20%，即1000元。扣除后，该员工的剩余工资为4000元，高于当地月最低工资标准，因此是合法的。但如果用人单位扣除1500元，剩余工资为3500元，虽然高于最低工资标准，但扣除比例超过了20%，因此是违法的。若扣除2500元，剩余工资为2500元，虽然扣除比例未超过（若按此比例算实际已超，此处仅为假设说明），但剩余工资低于最低工资标准，因此同样是违法的。

综上所述，扣除员工工资时，用人单位必须严格遵守相关法律法规的规定，确保扣除比例合理且剩余工资不低于当地月最低工资标准。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。