结论：请假3分钟按半小时扣是否合理，需根据公司的具体规章制度以及该制度是否合法合规来判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度的内容：
- 公司有权制定内部的考勤管理制度，明确请假、迟到、早退等行为的处理方式。
- 如果公司规章制度中明确规定了“请假不足半小时按半小时扣”或类似条款，那么从公司规章制度的角度来看，这种做法是有依据的。
规章制度的合法性：
- 规章制度必须合法合规，不能违反国家法律法规的强制性规定。
- 如果公司规章制度中的扣款规定过于严苛，例如扣款金额过高或扣款方式不合理，可能违反《劳动法》等相关法律法规中关于劳动者权益保护的规定。
二、法律法规的角度
《劳动法》的相关规定：
- 《劳动法》主要保护劳动者的合法权益，包括工资、工时、休息休假等。
- 对于请假扣款，法律并未明确规定具体的扣款标准或方式，但要求扣款必须合理，不能侵犯劳动者的合法权益。
合理性判断：
- 请假3分钟按半小时扣，从时间比例上看，显然存在不合理性。这种扣款方式可能过于严苛，不符合公平、合理的原则。
- 如果公司因此扣除了劳动者过多的工资，可能构成对劳动者权益的侵犯，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、实际操作与建议
与公司沟通：
- 如果劳动者认为公司的扣款规定不合理，首先可以尝试与公司进行沟通，表达自己的意见和诉求。
- 通过沟通，双方可以协商达成一个更加合理、公平的解决方案。
申请劳动仲裁：
- 如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司撤销不合理的扣款规定或赔偿因此造成的损失。
- 在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如公司规章制度、工资条、请假记录等，以证明自己的诉求合理合法。
举例说明：假设某公司规章制度中规定“请假不足半小时按半小时扣”，且该规定未违反国家法律法规的强制性规定。但某员工仅请假3分钟，却被按半小时扣除了工资。在这种情况下，员工可以首先与公司沟通，表达自己对扣款规定的不满。如果沟通无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司撤销该不合理的扣款规定或赔偿因此造成的损失。
总结：请假3分钟按半小时扣是否合理，需根据公司的具体规章制度以及该制度是否合法合规来判断。如果劳动者认为公司的扣款规定不合理，可以通过与公司沟通或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。