关于员工个人资料是否需要留存纸质版的问题，这主要取决于具体的企业或组织的管理规定以及相关法律法规的要求。不过，我可以根据一般情况和您提供的信息，给出一个较为全面的解答。
首先，从法律法规的角度来看，许多国家和地区都有关于个人资料保护的法律，如您提到的《个人资料(私隐)条例》。这些法律通常要求组织在收集、使用、存储和传输个人资料时，必须遵循一定的原则和规定，以保护个人隐私和数据安全。然而，这些法律并没有明确规定个人资料必须以纸质版形式留存，而是强调了资料的安全性和可访问性。
其次，从企业管理实践的角度来看，留存员工个人资料的纸质版或电子版，主要取决于企业的具体需求和操作习惯。一些企业可能出于方便查阅、备份或法律合规性的考虑，选择同时留存纸质版和电子版资料。而另一些企业则可能更倾向于使用电子版资料，因为它们更易于存储、检索和共享，同时也能节省物理空间。
以您提供的仁首镇档案留存及查阅制度为例，该制度明确规定了政府为每个员工建立档案，并应包括个人身份证复印件、个人简历、相关学历及技术职称书复印件等。这表明，在该制度下，员工个人资料的纸质版是被要求留存的。然而，这并不意味着所有企业或组织都必须遵循这一做法。
因此，我的建议是：
了解企业规定：首先，您应该了解所在企业或组织关于员工个人资料留存的具体规定。这些规定可能包含在员工手册、公司政策或相关法律法规中。
考虑法律法规要求：除了企业规定外，您还需要考虑所在地区或国家的法律法规要求。确保您的留存方式符合相关法律的规定。
评估实际需求：根据企业或组织的实际需求，评估留存纸质版或电子版资料的必要性和可行性。如果电子版资料已经足够满足需求，并且能够确保数据的安全性和可访问性，那么可能不需要额外留存纸质版资料。
采取必要措施：无论选择留存纸质版还是电子版资料，都需要采取必要措施来保护这些资料的安全性和完整性。这包括使用安全的存储设备、定期备份数据、限制访问权限等。
综上所述，员工个人资料是否需要留存纸质版并没有一个固定的答案。它取决于企业或组织的规定、法律法规的要求以及实际需求。因此，建议您根据具体情况来做出决策。