结论：公司以亏损为由扣员工报销款，这一行为通常是不合法的。以下从多个角度进行分析说明：

一、报销款的性质与法律基础

报销款是员工因工作需要而预先垫付的费用，这些费用在员工提供相应票据并经过公司审核后，应当由公司予以报销。从法律角度来看，报销款属于员工因工作而产生的债权，公司有义务按照约定或规定进行支付。

二、公司亏损与扣报销款的关联性

1. 公司亏损的财务状况：公司亏损是其经营活动的财务结果，反映了公司在一定时期内的收入与支出状况。然而，这一财务状况并不直接决定公司是否可以扣减员工的报销款。
2. 扣报销款的合法性：除非公司有明确的规章制度或劳动合同中约定了在公司亏损时可以扣减报销款，否则公司无权单方面以亏损为由扣减员工的报销款。这种扣减行为可能构成对员工合法权益的侵犯。

三、可能的法律后果

1. 员工权益保护：如果公司以亏损为由扣减员工的报销款，员工有权向公司提出异议，并要求公司按照约定或规定进行支付。如果公司拒绝支付，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
2. 公司法律责任：如果公司的扣减行为被认定为违法，公司可能需要承担相应的法律责任，包括支付被扣减的报销款、赔偿员工因此遭受的损失等。

四、建议与措施

1. 审查公司规章制度：员工在遇到此类问题时，应首先审查公司的规章制度和劳动合同，了解是否有关于公司亏损时扣减报销款的约定。
2. 与公司协商：如果公司规章制度或劳动合同中没有相关约定，员工可以与公司进行协商，要求公司按照约定或规定支付报销款。
3. 寻求法律援助：如果协商无果，员工可以寻求法律援助，通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

总结：公司以亏损为由扣员工报销款，这一行为在缺乏明确约定的情况下通常是不合法的。员工在遇到此类问题时，应首先审查公司规章制度和劳动合同，了解自己的权益和义务。如果公司无正当理由扣减报销款，员工有权通过法律途径来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。