离职时公司扣员工工资是否合法，需分情况判断：
一、不合法的情况
无故克扣工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》，只要劳动者提供了正常劳动，雇主就必须按照劳动合同的约定支付工资。若员工按正常流程离职，提前通知用人单位且完成工作交接等手续，用人单位无故扣工资就是不合法的。例如，员工提前30天书面通知公司离职，到期后办理好离职手续，公司无故扣工资就违反了法律规定。
违法设定违约金：
- 除两种法定情形外（即用人单位提供专项培训并约定服务期、保密及竞业限制），用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。如果公司在不符合上述法定情形下，因员工辞职而扣钱作为违约金，是不合法的。
公司无明确规章制度或规章制度违法：
- 如果公司没有经过民主程序制定并向员工公示的明确规章制度，或者规章制度本身违反法律法规，规定在员工辞职时可扣除一定款项，那么这种扣除是违法的。
二、合法的情况
员工违反服务期约定：
- 当用人单位为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者约定了服务期时，若劳动者在服务期未满时辞职，用人单位可以要求劳动者按约定支付违约金。但违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。
违反竞业限制约定：
- 若员工与公司签订了竞业限制协议，在离职后违反该约定，到与原单位有竞争关系的其他单位工作或自己开业从事同类业务，公司有权要求员工支付违约金。
员工给公司造成经济损失：
- 如果员工在辞职过程中，因故意或重大过失给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。例如，员工突然离职未办理交接，导致公司业务受影响产生损失，公司可依法扣除一定工资作为赔偿，但需遵循上述限制。
三、员工权益保护
- 如果公司无正当理由扣除了员工的工资，员工可以通过以下途径维护自己的权益：
- 协商：首先尝试与公司沟通，寻求和解，要求返还被扣款项。
- 投诉：向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门调查并处理。
- 劳动仲裁：若投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付被扣除的工资及相应的赔偿。
- 诉讼：对仲裁结果不满的，可在法定期限内向人民法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。
总结：离职时公司扣员工工资是否合法，需根据具体情况判断。员工应了解自己的合法权益，并在遇到不法行为时及时采取措施维护自身权益。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，确保按时足额支付劳动者工资，避免不必要的法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。