公司扣除报销是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
合法扣除报销的情况：
- 报销制度合规：如果公司有明确的报销制度，且该制度符合法律法规的规定，同时员工在报销时违反了该制度（如提供了虚假发票、报销了非工作相关的费用等），那么公司有权根据制度扣除相应的报销款项。这种情况下，公司的扣除行为是合法的。
- 员工同意扣除：在某些情况下，员工可能因个人原因（如借款未还、损坏公司财物等）同意公司从其报销款项中扣除相应金额。这种基于双方自愿的扣除行为也是合法的。
非法扣除报销的情况：
- 无合法依据扣除：如果公司没有明确的报销制度，或者报销制度本身违反了法律法规的规定（如限制员工报销的合理范围、设置不合理的报销门槛等），那么公司无权扣除员工的报销款项。此时，公司的扣除行为是违法的。
- 未经员工同意扣除：即使公司有合法的报销制度，但如果未经员工同意就擅自扣除其报销款项，这种行为也是违法的。公司应当事先告知员工扣除的原因和金额，并征得员工的同意。
法律背景与建议：
- 法律背景：根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定，员工有权获得与其工作相关的合理报销。公司应当建立合法、合规的报销制度，并严格按照制度执行。同时，公司在扣除员工报销款项时，必须遵守法律法规的规定，不得侵犯员工的合法权益。
- 建议：如果员工认为公司扣除报销的行为不合法，可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的原因和依据。如果沟通无果，员工可以向当地的劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果公司非法扣除员工报销款项，可能会面临劳动行政部门的处罚，包括责令支付被扣除的报销款项、经济补偿以及可能的赔偿金等。
- 同时，公司的非法行为还可能影响其声誉和员工关系，对公司的长期发展产生不利影响。
综上所述，公司扣除报销是否合法取决于具体情况。如果员工对此有疑问或认为公司的扣除行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。