公司扣款制度是否合法，主要取决于其是否遵循了相关法律法规、是否合理且经过民主程序制定，并是否保障了员工的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
合法扣款情形
规章制度明确且合理：
- 公司必须拥有明确的、经过民主程序制定并向员工公示的规章制度。这些制度应详细规定扣款的情形、标准及程序。例如，员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，公司可依据规章制度要求员工赔偿，并从工资中合理扣除相应款项。
- 扣款金额应当合理，不能过高，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中有明确约定，在特定情况下公司可以对员工进行扣款，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣款是合法的。劳动合同中的扣款条款应清晰、具体，避免模糊或歧义。
代扣代缴费用：
- 公司可以依法代扣代缴员工的个人所得税、社会保险费用等法定费用。代扣项目应有明确的法律依据，且代扣过程应透明、公正。
经济损失赔偿：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
绩效不达标：
- 在绩效考核制度公平、公正且明确规定的情况下，如果员工的绩效工资被判定为不达标，公司可以合法扣减其绩效工资。
非法扣款情形
缺乏合理依据：
- 公司无故扣款或扣款金额过高，没有合法依据和合理理由，即构成非法扣款。例如，以员工上班时偶尔的小迟到为由扣除高额罚款，或以不切实际的销售任务为由大幅扣减工资等。
未经民主程序和公示：
- 公司的规章制度如果没有经过民主程序制定，如未与员工代表协商、讨论等，且没有向员工公示，那么该制度中关于扣款的规定对员工不具有法律效力。员工有权对这种不合理的扣款提出异议，并要求公司纠正。
违反法律强制性规定：
- 如果公司的扣款制度违反法律的强制性规定，如扣除工资后使员工工资低于当地最低工资标准，或以任何形式克扣员工加班工资等，都是非法的。公司应承担相应的法律责任，包括支付劳动者的工资报酬、经济补偿及赔偿金等。
罚款制度：
- 公司一般不具有罚款的权利。罚款的本质是一种行政处罚，只有行政主体（如政府机关）在特定情况下才有权进行罚款。因此，公司以罚款名义进行扣款通常是不合法的，员工可以对此提出异议并寻求法律援助。
法律后果与维权途径
- 法律后果：如果公司违法扣款，根据《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规，劳动行政部门可以责令公司支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
- 维权途径：
- 与公司沟通协商：员工在遭遇公司违法扣款时，应先与公司进行协商，要求公司说明扣款的依据并提供相应证据。
- 向劳动监察大队投诉：协商不成的情况下，员工可以向当地劳动监察大队进行投诉，由其对公司的扣款行为进行调查和处理。
- 申请劳动仲裁：在投诉无果的情况下，员工还可以申请劳动仲裁进行裁决，以维护自己的合法权益。
总结来说，公司在制定和执行扣款制度时，应确保遵循相关法律法规，保障员工的合法权益。员工也应了解自己的权利和义务，在遇到问题时及时寻求法律援助。如果你对公司扣款制度有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。