公司扣除津贴是否合法，需根据具体情况来判断，主要取决于劳动合同约定、法律规定以及程序合法性。以下是对此问题的详细分析：

1. 劳动合同与法律规定

   • 合同约定：若您与公司签订的劳动合同中明确规定了津贴的具体项目、标准及发放方式，公司不得擅自扣除，否则将违反合同约定。在此情况下，您有权要求公司继续履行合同，并承担因违约给您造成的损失。
   • 法律规定：某些津贴（如职业危害津贴、高温津贴等）是法律法规明确要求公司发放的。若公司扣除这些法定津贴，将违反法律规定，您有权向劳动监察部门投诉，并要求公司补发津贴及可能面临的行政处罚。

2. 程序合法性

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司在制定、修改或决定涉及劳动者切身利益的规章制度（包括津贴制度）时，应经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。若公司未遵循此程序而单方面扣除津贴，将被视为违法。

3. 扣除津贴的合理性

   • 即便公司扣除津贴的行为在法律和合同上没有直接违规，我们仍需考虑其合理性。合理的扣除原因可能包括公司经济困难、业务调整或管理需要等。然而，若扣除行为出于恶意降低员工福利待遇、违反公平原则或歧视特定员工等不正当目的，则显然不合理，且可能构成违法。

面对公司扣除津贴的情况，您可以采取以下措施保护自身权益：

• 沟通协商：首先与公司进行沟通，了解扣除津贴的原因和依据，表达您的意见和诉求，尝试通过协商解决问题。
• 保留证据：在整个过程中，妥善保留相关证据，如劳动合同、规章制度、沟通记录等，以备后续维权使用。
• 法律途径：若协商无果，您可以向劳动监察部门投诉举报，要求介入调查处理；或根据具体情况申请劳动仲裁或提起诉讼，以维护自身合法权益。

举例说明：

• 假设您与公司签订的劳动合同中明确规定了每月发放交通津贴500元，但公司突然以经济困难为由扣除该津贴。在此情况下，公司违反了合同约定，您有权要求公司继续发放交通津贴。
• 若公司因业务调整需要取消某项非法定津贴，但未经过职工代表大会或全体职工讨论，也未与工会或职工代表平等协商确定，则公司的行为可能构成违法，您有权要求公司恢复该津贴或给予相应补偿。

总之，公司扣除津贴的合法性需综合考量多个方面。若您面临此类问题，建议理性应对并采取适当措施保护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。