结论：预付式消费格式合同二审因仲裁条款管辖异议被驳回后，仍然可以进行仲裁协议认定，但具体能否成功认定并启动仲裁程序，需视仲裁条款的效力及法院、仲裁机构的具体处理而定。以下从不同角度详细分析：

一、仲裁条款的效力认定是关键

1. 仲裁条款的独立性：根据《中华人民共和国仲裁法》第十九条，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。这意味着，即使合同本身因某种原因被驳回或无效，仲裁条款仍可能独立有效。

2. 仲裁条款效力的审查：在二审因管辖异议被驳回后，若当事人对仲裁条款的效力有争议，可以依据《仲裁法》第二十条，请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。

二、二审驳回后的法律程序

1. 申请仲裁协议认定：若当事人认为仲裁条款有效，且希望通过仲裁解决纠纷，可以在二审驳回后，向有管辖权的仲裁机构申请仲裁，并同时或随后向法院申请确认仲裁协议的效力。法院将根据《仲裁法》及相关司法解释，对仲裁协议的效力进行审查并作出裁定。

2. 法院对仲裁协议效力的裁定：法院在审查仲裁协议效力时，将考虑仲裁协议是否具备法定要件（如明确的仲裁意思表示、仲裁事项、选定的仲裁委员会等），以及是否存在法定无效情形（如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议等）。若法院裁定仲裁协议有效，则当事人可以依据该裁定向仲裁机构申请仲裁。

三、可能面临的法律后果

1. 仲裁协议有效：若仲裁协议被认定为有效，且仲裁机构受理了仲裁申请，则双方将按照仲裁规则进行仲裁程序，仲裁裁决具有终局性，对双方均有约束力。

2. 仲裁协议无效：若仲裁协议被认定为无效，或法院裁定驳回确认仲裁协议效力的申请，则当事人将无法通过仲裁解决纠纷，而需通过诉讼等其他途径解决。此时，当事人需根据法院的管辖规定，向有管辖权的法院提起诉讼。

四、建议与注意事项

1. 及时申请仲裁协议认定：在二审驳回后，若当事人希望仲裁解决纠纷，应尽快向仲裁机构申请仲裁，并同时或随后向法院申请确认仲裁协议的效力，以避免因时间拖延而影响仲裁程序的启动。

2. 准备充分证据：在申请仲裁协议认定时，当事人应准备充分的证据，以证明仲裁条款的效力及双方的真实意思表示。这包括但不限于合同文本、往来函件、聊天记录等。

3. 咨询专业律师：由于仲裁协议效力的认定涉及复杂的法律问题，且不同地区的法院和仲裁机构可能存在不同的处理方式和标准，因此建议当事人在申请仲裁协议认定前，咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。

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