结论：二审因仲裁条款管辖异议被驳回后，仍然可以进行仲裁协议认定，但具体能否成功认定及后续处理方式需视情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、仲裁协议认定的基本原则与程序
仲裁协议是当事人之间约定将争议提交仲裁解决的书面协议，其有效性是仲裁程序启动的前提。根据《中华人民共和国仲裁法》及相关司法解释，仲裁协议的认定主要关注其形式要件和实质要件，如是否具备书面形式、是否明确约定了仲裁事项和仲裁机构等。在二审阶段，若因仲裁条款管辖异议被驳回，这并不意味着仲裁协议本身被否定，而是法院对案件管辖权的一种处理方式。因此，仲裁协议的认定并不受二审驳回管辖异议的直接影响，当事人仍可就仲裁协议的有效性另行提起确认之诉或申请仲裁机构进行认定。
二、二审驳回管辖异议后的法律路径
另行提起确认仲裁协议效力之诉：
- 当事人可以在二审驳回管辖异议后，向有管辖权的人民法院提起确认仲裁协议效力的诉讼。法院将根据仲裁法的相关规定，对仲裁协议的形式要件和实质要件进行审查，并作出是否有效的裁定。
- 若法院裁定仲裁协议有效，则当事人应依据该协议向约定的仲裁机构申请仲裁；若裁定无效，则当事人可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
在仲裁程序中申请认定：
- 若当事人已向仲裁机构申请仲裁，且仲裁机构已受理案件，但在仲裁过程中对仲裁协议的效力产生争议，当事人可以请求仲裁机构作出决定。仲裁机构有权根据仲裁规则对仲裁协议的效力进行认定，并作出相应的决定。
- 若仲裁机构认定仲裁协议有效，则仲裁程序将继续进行；若认定无效，则仲裁程序将终止，当事人可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
三、注意事项与风险提示
时效性：
- 当事人在提起确认仲裁协议效力之诉或申请仲裁机构认定时，应注意时效性的问题。根据相关法律规定，当事人对仲裁协议的效力有异议的，应当在仲裁庭首次开庭前提出。若未在规定时间内提出，则可能视为当事人接受仲裁协议的约束。
证据准备：
- 当事人在提起确认仲裁协议效力之诉或申请仲裁机构认定时，应充分准备相关证据，以证明仲裁协议的有效性或无效性。证据可能包括仲裁协议本身、当事人之间的往来函件、合同文本等。
法律后果：
- 若仲裁协议被认定有效，则当事人应遵守仲裁协议的约定，通过仲裁方式解决争议；若被认定无效，则当事人可向有管辖权的人民法院提起诉讼。不同的认定结果将导致不同的法律后果，当事人应做好相应的准备和应对。
建议：在二审因仲裁条款管辖异议被驳回后，若当事人对仲裁协议的效力存在争议，建议及时咨询专业律师，根据具体情况选择合适的法律路径进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。