协议约定的仲裁管辖条款是否为格式条款，以及是否可以直接起诉，需分情况讨论：
一、仲裁管辖条款是否为格式条款
格式条款的定义：
- 格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。
判断标准：
- 若仲裁管辖条款是合同一方预先拟定，且在订立合同时未与对方进行协商，而是直接作为合同的一部分要求对方接受，那么该条款很可能被认定为格式条款。
- 反之，如果仲裁管辖条款是双方经过协商后共同确定的，那么它就不属于格式条款。
二、是否可以直接起诉
仲裁协议的效力：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。
- 这意味着，如果合同中存在有效的仲裁管辖条款，且该条款不属于格式条款或格式条款未被认定无效，那么当事人应当通过仲裁方式解决争议，而不能直接向人民法院起诉。
格式条款无效的情形：
- 如果仲裁管辖条款被认定为格式条款，并且存在《中华人民共和国民法典》中规定的格式条款无效情形（如免除其责任、加重对方责任、排除对方主要权利等），那么该条款可能被认定无效。
- 在此情况下，当事人可以选择向人民法院起诉，因为仲裁协议已失去效力。
未约定仲裁或仲裁协议无效时的起诉：
- 如果合同中未约定仲裁条款，或者仲裁协议被认定无效（包括因格式条款无效而导致的仲裁协议无效），那么当事人可以直接向人民法院起诉。
三、建议与注意事项
审查合同条款：
- 在签订合同时，应仔细审查合同中的仲裁管辖条款，确保其不是格式条款或格式条款未被认定无效。
- 如果对仲裁管辖条款有异议，应及时与对方协商修改或寻求法律帮助。
保留证据：
- 在争议发生时，应保留好与合同相关的所有证据，包括合同文本、通信记录、付款凭证等。
- 这些证据在仲裁或诉讼过程中可能起到关键作用。
寻求专业法律帮助：
- 如果对仲裁管辖条款或争议解决方式有疑问，建议寻求专业律师的法律帮助。
- 律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案。
总结来说，协议约定的仲裁管辖条款是否为格式条款需根据具体情况判断；而是否可以直接起诉则取决于仲裁协议的效力以及是否存在格式条款无效的情形。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。