结论：在合同中明确约定了仲裁条款的情况下，一般不能直接向法院提起诉讼，但存在仲裁协议无效或仲裁裁决被撤销、不予执行等特殊情况时，可以向法院提起诉讼。
一、一般情况：合同约定仲裁，不能直接起诉
根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定：“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。”这意味着，如果合同中已经明确约定了仲裁条款，那么双方应当通过仲裁的方式解决争议，而不能直接向法院提起诉讼。仲裁和诉讼是两种相互独立的、排斥的争议解决方式，一旦选择了仲裁，即意味着双方放弃了通过诉讼解决争议的权利。
二、特殊情况：合同约定仲裁，但可以直接起诉的情形
仲裁协议无效：
- 根据《仲裁法》的相关规定，若仲裁协议存在以下情形之一，将被认定为无效：约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围；无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议；一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等。
- 当仲裁协议被认定无效时，当事人有权向有管辖权的法院提起诉讼，以解决争议。例如，如果合同中的仲裁条款因未明确仲裁机构而被认定无效，那么双方就可以直接向法院起诉。
仲裁裁决被撤销或不予执行：
- 仲裁裁决作出后，如果当事人有证据证明该裁决存在法定可撤销或不予执行的情形（如没有仲裁协议、裁决的事项不属于仲裁协议的范围或仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭的组成或仲裁程序违反法定程序等），可以向法院申请撤销仲裁裁决或申请不予执行仲裁裁决。
- 若仲裁裁决被法院撤销或不予执行，当事人可以就该纠纷向法院提起诉讼，以寻求司法救济。
三、实务操作建议
- 审查仲裁协议有效性：在签订合同时，务必仔细审查仲裁条款，确保其明确、具体，并符合法律法规的规定。如果仲裁条款存在模糊或不明确的地方，应及时与对方协商补充或修改，以避免后续可能出现的纠纷。
- 遵守程序要求：如果合同中存在有效的仲裁协议，那么在发生争议时，应及时向选定的仲裁委员会提交申请，并按照仲裁程序进行裁决。不要试图绕过仲裁程序直接向法院起诉，否则可能会面临法院不予受理或驳回起诉的风险。
- 关注时效问题：无论是仲裁还是诉讼，都存在时效问题。如果逾期未提出仲裁申请或提起诉讼，可能会丧失胜诉权。因此，在发生争议后，应及时咨询专业律师，了解具体的时效要求，并在规定的时间内采取行动。
举例说明：假设甲公司与乙公司签订了一份买卖合同，并在合同中明确约定了仲裁条款：“因本合同产生的任何争议，双方应提交至XX仲裁委员会进行仲裁。”后来，双方因合同履行问题发生了争议。在这种情况下，甲公司或乙公司应当按照仲裁条款的约定，向XX仲裁委员会提交仲裁申请，而不能直接向法院提起诉讼。但是，如果仲裁条款因未明确仲裁机构而被认定无效，或者仲裁裁决被法院撤销或不予执行，那么双方就可以直接向法院起诉。
最后提醒：在处理合同纠纷时，应充分了解并遵循相关法律法规及仲裁协议的具体规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。