合同中约定了仲裁条款的情况下，一般不能直接向法院提起诉讼，但存在特殊情况时可以向法院起诉。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁协议的效力
根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定：“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。”这意味着，如果合同中明确约定了仲裁条款，那么双方应当通过仲裁方式解决争议，而不能直接向人民法院提起诉讼。这是仲裁制度的基本原则，体现了对当事人意思自治的尊重。
二、不能直接起诉的原因
- 尊重当事人意思自治：合同是双方当事人意思表示一致的产物，其中约定的仲裁条款体现了双方对争议解决方式的共同选择。因此，应当尊重当事人的意思自治，按照约定的仲裁方式解决争议。
- 维护仲裁制度的严肃性：如果允许当事人在约定仲裁后又直接起诉，将破坏仲裁制度的严肃性和权威性，影响仲裁机构的公信力和效率。
三、特殊情况下的处理
尽管仲裁协议具有排除司法管辖的效力，但在某些特殊情况下，当事人仍然可以向法院提起诉讼：
仲裁协议无效：
- 根据《仲裁法》的相关规定，若仲裁协议存在以下情形之一，将被认定为无效：约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围；无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议；一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等。
- 当仲裁协议被认定无效时，当事人有权向有管辖权的法院提起诉讼，以解决争议。
仲裁裁决被撤销或不予执行：
- 仲裁裁决作出后，如果当事人有证据证明该裁决存在法定可撤销或不予执行的情形（如没有仲裁协议、裁决的事项不属于仲裁协议的范围或仲裁委员会无权仲裁、仲裁庭的组成或仲裁程序违反法定程序等），可以向法院申请撤销仲裁裁决或申请不予执行仲裁裁决。
- 若仲裁裁决被法院撤销或不予执行，当事人可以就该纠纷向法院提起诉讼，以寻求司法救济。
四、实务操作建议
- 审查仲裁协议有效性：在签订合同时，应仔细审查仲裁条款，确保其真实意愿的表达，并明确约定仲裁机构、仲裁规则等关键内容。
- 遵守程序要求：存在有效仲裁协议时，应及时向选定的仲裁委员会提交申请，并按照仲裁规则进行仲裁程序。
- 关注时效问题：仲裁时效通常为两年（具体依合同约定或法律规定），逾期可能丧失胜诉权。因此，当事人应在时效期内及时行使权利。
举例说明：假设甲公司与乙公司签订了一份买卖合同，并在合同中明确约定了仲裁条款。后来，双方因合同履行发生争议。在这种情况下，甲公司不能直接向法院提起诉讼，而应按照仲裁协议的约定向选定的仲裁委员会提交仲裁申请。如果仲裁协议被认定无效或仲裁裁决被撤销、不予执行等特殊情况发生，甲公司才可以向法院提起诉讼。
总之，在处理合同纠纷时，应充分了解并遵循相关法律法规及仲裁协议的具体规定，以确保自身权益得到有效保护。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。