在协议中约定了发生纠纷由仲裁委处理的情况下，当事人一般应通过仲裁解决争议，而不能直接向法院起诉。但在特定情况下，当事人可以向法院提起诉讼。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁条款有效的情况
基本原则：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成有效的仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理。这意味着，如果协议中的仲裁条款有效，当事人应当遵守该约定，将争议提交给约定的仲裁机构进行仲裁。
仲裁条款有效性的判断标准：
- 明确的请求仲裁的意思表示；
- 具体的仲裁事项；
- 选定的仲裁委员会。
- 例如，协议中明确写明“双方因本协议产生的一切争议，均提交[具体仲裁委员会名称]仲裁解决”，这样的仲裁条款通常是有效的。
法律后果：
- 如果一方违反仲裁协议向法院起诉，而另一方在法院首次开庭前提交仲裁协议的，法院应当驳回原告的起诉。
二、可以向法院起诉的特定情况
尽管仲裁条款具有排除法院司法管辖权的效力，但在以下特定情况下，当事人仍然可以向法院提起诉讼：
仲裁条款无效：
- 如果仲裁条款本身存在法定无效的情形，如约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等，那么该仲裁条款自始无效，当事人可以向法院起诉。
- 法律依据：《中华人民共和国仲裁法》第十七条 有下列情形之一的，仲裁协议无效：（一）约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；（二）无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；（三）一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。
放弃仲裁协议：
- 双方当事人可以通过明示或默示的方式放弃仲裁协议。例如，在仲裁程序启动前，双方一致同意将争议提交法院解决，或者以实际行动表明不再履行仲裁协议，那么此时当事人可以向法院起诉。
仲裁裁决被撤销或不予执行：
- 如果仲裁裁决作出后，该裁决被有管辖权的法院依法撤销或者裁定不予执行，那么当事人可以就该争议向法院提起诉讼。这是因为在这种情况下，仲裁裁决已经失去了法律效力，当事人需要通过其他途径解决争议。
三、建议与注意事项
- 在选择解决争议的方式时，当事人应当充分了解仲裁和诉讼的特点和规则，根据自己的实际情况和需求做出合理的选择。
- 如果已经约定了仲裁条款，就应当按照约定申请仲裁，并遵循仲裁的规则和程序。
- 同时，也要注意保留相关证据和材料，以便在必要时证明仲裁条款的效力或者应对可能出现的特殊情况。
综上所述，当事人在协议中约定了有效的仲裁条款后，一般应通过仲裁解决争议。但在特定情况下，如仲裁条款无效、双方放弃仲裁协议或仲裁裁决被撤销或不予执行时，当事人可以向法院提起诉讼。因此，在实际操作中，当事人应当根据具体情况灵活应对，确保自身权益得到有效维护。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。