结论前置：在合同中约定了仲裁条款的情况下，一般不能直接向法院起诉，但存在仲裁协议无效或仲裁条款约定不明等特殊情况时，当事人可以向法院提起诉讼。

一、仲裁协议有效时，一般不能直接起诉

根据《中华人民共和国仲裁法》第五条的规定：“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。”这意味着，如果合同中存在有效的仲裁条款，双方应当通过仲裁方式解决争议，而不能直接向法院提起诉讼。仲裁和诉讼是两种相互独立的、排斥的争议解决方式，一旦选择了仲裁，即意味着双方放弃了通过诉讼解决争议的权利。

二、仲裁协议无效时，可以直接起诉

仲裁协议并非在任何情况下都有效。根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条和第十八条的规定，以下情形会导致仲裁协议无效：

1. 约定的仲裁事项超出法定仲裁范围：如婚姻、收养等身份关系纠纷，这些纠纷不属于仲裁的受理范围。
2. 无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议：这类人群由于缺乏完全民事行为能力，其订立的仲裁协议可能被视为无效。
3. 一方采取胁迫手段迫使对方签订仲裁协议：胁迫行为违背了当事人的真实意愿，因此订立的仲裁协议无效。
4. 仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确，且当事人无法达成补充协议：在这种情况下，仲裁协议也被视为无效。

当仲裁协议被认定无效时，当事人有权向有管辖权的法院提起诉讼，以解决争议。

三、仲裁条款约定不明时，处理方式需分情况讨论

如果合同中的仲裁条款约定不明，例如未明确具体的仲裁委员会，或者约定的仲裁机构名称不准确、无法确定具体的仲裁机构，或者约定了由某地的仲裁机构仲裁但该地有多个仲裁机构的，此时的处理方式需分情况讨论：

1. 可以直接起诉的情况：如果双方无法就选定的仲裁委员会达成一致意见，或者无法确定具体的仲裁机构，那么该仲裁条款无效。此时，当事人可以直接向有管辖权的人民法院提起诉讼。
2. 不可以直接起诉的情况：如果当事人事后能够就仲裁事项和仲裁委员会达成补充协议，重新明确有效的仲裁机构，那么当事人就必须按照补充后的仲裁协议申请仲裁，而不能直接向法院起诉。

四、实务操作建议

1. 审查仲裁协议有效性：在签订合同时，务必仔细审查仲裁条款，确保其真实意愿的表达，并明确约定仲裁机构和仲裁事项。
2. 遵守程序要求：存在有效仲裁协议时，应及时向选定的仲裁委员会提交申请，并遵守仲裁程序的相关规定。
3. 关注时效问题：仲裁时效通常为两年（具体依合同约定或法律规定），逾期可能丧失胜诉权。因此，在发生争议后，应及时采取行动，以免错过时效。

举例说明：假设甲公司与乙公司签订了一份买卖合同，并在合同中约定了仲裁条款。后来，双方因合同履行问题发生争议。如果仲裁条款有效且明确约定了仲裁机构，那么甲公司应当向约定的仲裁委员会提交仲裁申请，而不能直接向法院起诉。如果仲裁条款无效或约定不明，且双方无法达成补充协议，那么甲公司可以直接向有管辖权的法院提起诉讼。

最后提醒：在处理合同纠纷时，应充分了解并遵循相关法律法规及仲裁协议的具体规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。