劳动合同上工资写的特别低然后又加了一个综合补贴，这种做法确实存在一些潜在的弊端，具体分析如下：
影响社保和公积金缴纳基数：
- 根据相关规定，社保和公积金的缴纳基数通常与员工的工资水平挂钩。如果劳动合同上写的工资特别低，那么以此为基数缴纳的社保和公积金也会相应较低，这可能会影响到员工未来的社保待遇和公积金提取额度。
- 法律背景：依据《社会保险法》和《住房公积金管理条例》，用人单位应当按照国家规定的本单位职工工资总额的比例缴纳基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费等社会保险费，以及住房公积金。工资总额的计算通常包括基本工资、奖金、津贴和补贴等。若合同工资与实际工资不符，可能导致缴纳基数不实。
影响经济补偿和赔偿金的计算：
- 在劳动合同解除或终止时，如果用人单位需要向员工支付经济补偿或赔偿金，这些费用的计算通常也是基于员工的工资水平。如果合同上写的工资特别低，那么计算出来的经济补偿或赔偿金也会相应较低，这可能会损害员工的合法权益。
- 法律背景：根据《劳动合同法》的相关规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若合同工资低于实际工资，将影响经济补偿的计算。
可能引发劳动争议：
- 如果员工对合同上的低工资和综合补贴的安排存在异议，或者认为这种安排损害了自己的合法权益，那么可能会引发劳动争议。劳动争议的处理过程往往耗时耗力，对双方都会造成一定的损失。
- 法律建议：为避免劳动争议，用人单位应确保劳动合同中的工资条款真实、合法、有效，并明确约定工资的构成和支付方式。同时，员工在签订劳动合同时也应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到充分保障。
影响员工对公司的信任度：
- 如果员工发现合同上的工资与实际发放的工资存在较大差异，或者认为公司通过综合补贴等方式来规避法律责任，那么可能会对公司的信任度产生负面影响。这种信任度的下降可能会影响到员工的工作积极性和忠诚度。
- 进一步思考：作为用人单位，应秉持诚信原则，与员工建立公平、透明的劳动关系。通过合理的薪酬体系和福利待遇来吸引和留住人才，而不是通过不正当手段来规避法律责任。
针对以上弊端，我给出以下建议：
- 对于用人单位而言，应确保劳动合同中的工资条款真实反映了员工的实际工资水平，避免通过综合补贴等方式来规避法律责任。同时，应建立健全的薪酬体系和福利待遇制度，以吸引和留住优秀人才。
- 对于员工而言，在签订劳动合同时应仔细阅读合同条款，特别是关于工资和福利待遇的条款。如果发现合同上的工资与实际发放的工资存在较大差异，或者对公司的薪酬体系存在疑问，应及时向公司提出并寻求解决方案。如果无法达成一致意见，可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。