在员工同意的情况下，仅支付一倍加班工资通常是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：
法律规定角度
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
从上述规定可以看出，加班工资的支付标准是法定的，用人单位必须按照这一标准执行，不能因员工同意而降低支付标准。即使员工同意，用人单位也不能违反法律规定，仅支付一倍加班工资。
员工同意的效力角度
虽然员工同意是劳动关系中的一个重要因素，但在涉及法律法规强制性规定的情况下，员工的同意并不能成为用人单位违反法律规定的理由。加班工资的支付标准属于法律的强制性规定，旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动者在加班时能够获得相应的经济补偿。因此，即使员工同意仅收取一倍加班工资，这种同意也是无效的，用人单位仍需按照法定标准支付加班工资。
法律后果角度
如果用人单位违反法律规定，仅支付一倍加班工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位补足差额部分，并可能面临劳动监察部门的处罚。此外，这种违法行为还可能影响用人单位的声誉和劳动关系和谐稳定。
特殊情况说明
虽然一般情况下员工同意仅收取一倍加班工资是不合法的，但也存在一些特殊情况。例如，如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了加班工资的支付标准，且该标准不低于法定最低标准（但实际操作中，由于法定标准已经明确，这种约定往往难以成立），或者双方通过协商达成了其他补偿方式（如调休、奖金等），且这种补偿方式能够充分保障劳动者的合法权益，那么可能在一定程度上被视为合法。然而，这种特殊情况并不常见，且需要严格符合法律法规的规定。
总结与建议：
在大多数情况下，即使员工同意，用人单位也不能仅支付一倍加班工资。用人单位应严格遵守法律法规的规定，按照法定标准支付加班工资，以维护劳动者的合法权益和劳动关系的和谐稳定。如果用人单位存在违法行为，劳动者有权向相关部门投诉或提起劳动仲裁。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。